如何在Blast算法中比较PQG与PEG和PQA？

Question

在具有种子阶段的BLAST算法中    通过比较PQG与PEG和PQA获得的分数分别为15和12。  我不明白这一点。任何机构都可以举例解释PQG与PEG和PQA的比较是多少？   这非常重要

Answer 1

使用（显然）BLOSUM62替换/评分矩阵计算得分。

要计算两个k-mers之间的总分，请参考矩阵以查找各个（对齐的）氨基酸之间的分数并将它们相加。

所以，比较：
PQG与
PEG

我们有：

P：P＆gt;＆gt; 7 +
问：E＆gt;＆gt; 2 +
G：G＆gt;＆gt; 6
= 15

同样，对于PQG和PQA：

P：P＆gt;＆gt; 7 +
问：Q＆gt;＆gt; 5 +
G：A＆gt;＆gt; 0
= 12