我试图在R中运行这种代码的和平(信用到the author):
require(Rcpp)
require(RcppArmadillo)
require(inline)
cosineRcpp <- cxxfunction(
signature(Xs = "matrix"),
plugin = c("RcppArmadillo"),
body='
Rcpp::NumericMatrix Xr(Xs); // creates Rcpp matrix from SEXP
int n = Xr.nrow(), k = Xr.ncol();
arma::mat X(Xr.begin(), n, k, false); // reuses memory and avoids extra copy
arma::mat Y = arma::trans(X) * X; // matrix product
arma::mat res = (1 - Y / (arma::sqrt(arma::diagvec(Y)) * arma::trans(arma::sqrt(arma::diagvec(Y)))));
return Rcpp::wrap(res);
')
经过一些修复,得到以下错误:
Error in compileCode(f, code, language = language, verbose = verbose) :
Compilation ERROR, function(s)/method(s) not created!
clang: error: no such file or directory: '/usr/local/lib/libfontconfig.a'
clang: error: no such file or directory: '/usr/local/lib/libreadline.a'
make: *** [file5a681e35ebe1.so] Error 1
In addition: Warning message:
running command '/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD SHLIB file5a681e35ebe1.cpp 2> file5a681e35ebe1.cpp.err.txt' had status 1
过去我经常使用Rcpp。但是从现在开始,我的计算机已经重新格式化,所有安装都使用自制软件重新完成。
我使用brew cairo
brew install cairo
libreadline.a
错误已解决:
brew link --force readline
但同样的情况对libfontconfig.a
不起作用,因为已经链接了:
brew link --force fontconfig
Warning: Already linked: /usr/local/Cellar/fontconfig/2.11.1
To relink: brew unlink fontconfig && brew link fontconfig
我原以为fontconfig
在cairo
之内。事实上,当我输入
brew install fontconfig
Warning: fontconfig-2.11.1 already installed
但事实是libfontconfig.a
处没有/usr/local/lib/
:
ls /usr/local/lib/libfont*
/usr/local/lib/libfontconfig.1.dylib
/usr/local/lib/libfontconfig.dylib
使用非常有问题的方法here并下载它,代码运行,但仍然给出相应的警告,因为该文件对应于不同的os.x架构(我没有找到10.9的一个) ):
+ . + ld: warning: ignoring file /usr/local/lib/libfontconfig.a, missing required architecture x86_64 in file /usr/local/lib/libfontconfig.a (2 slices)
所以在这个阶段我有点失落。
如何安装libfontconfig.a
或找到10.9版本?
如果有任何用处,我安装了Xcode,我在Mac 10.9.5上,
并基于this非常好的详细答案我的~/.R/Makevars
文件如下:
CC=clang
CXX=clang++
FLIBS=-L/usr/local/bin/
答案 0 :(得分:4)
您的系统设置已损坏。 R和Rcpp都没有与clang有关(除非你选择clang作为系统编译器)或fontconfig。
所以开始更简单:
R> library(Rcpp)
R> evalCpp("2 + 2")
[1] 4
R>
这只是表明我的系统有一个正常工作的编译器R(和Rcpp)可以通话。我们可以更明确地说明:
R> evalCpp("2 + 2", verbose=TRUE)
Generated code for function definition:
--------------------------------------------------------
#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
SEXP get_value(){ return wrap( 2 + 2 ) ; }
No rebuild required (use rebuild = TRUE to force a rebuild)
[1] 4
R>
和R很聪明,不重建。然后我们可以强制构建
R> evalCpp("2 + 2", verbose=TRUE, rebuild=TRUE)
Generated code for function definition:
--------------------------------------------------------
#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
SEXP get_value(){ return wrap( 2 + 2 ) ; }
Generated extern "C" functions
--------------------------------------------------------
#include <Rcpp.h>
// get_value
SEXP get_value();
RcppExport SEXP sourceCpp_0_get_value() {
BEGIN_RCPP
Rcpp::RObject __result;
Rcpp::RNGScope __rngScope;
__result = Rcpp::wrap(get_value());
return __result;
END_RCPP
}
Generated R functions
-------------------------------------------------------
`.sourceCpp_0_DLLInfo` <- dyn.load('/tmp/Rtmpeuaiu4/sourcecpp_6a7c7c8295fc/sourceCpp_2.so')
get_value <- Rcpp:::sourceCppFunction(function() {}, FALSE, `.sourceCpp_0_DLLInfo`, 'sourceCpp_0_get_value')
rm(`.sourceCpp_0_DLLInfo`)
Building shared library
--------------------------------------------------------
DIR: /tmp/Rtmpeuaiu4/sourcecpp_6a7c7c8295fc
/usr/lib/R/bin/R CMD SHLIB -o 'sourceCpp_2.so' --preclean 'file6a7c6d1fc2d6.cpp'
ccache g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include" -I"/tmp/Rtmpeuaiu4" -fpic -g -O3 -Wall -pipe -Wno-unused -pedantic -c file6a7c6d1fc2d6.cpp -o file6a7c6d1fc2d6.o
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o sourceCpp_2.so file6a7c6d1fc2d6.o -L/usr/lib/R/lib -lR
[1] 4
R>
然后你会看到我身边的系统细节(Linux,也使用ccache),这对你来说是不同的。
之后,尝试(Rcpp)犰狳单行等等。