Question

我想将Bourne shell背景＆符号用作ONE bsub执行命令的一部分。

请注意，我不想使用.bash文件，而是使用一个bsub命令行来执行整个过程。

请注意，我也不想将我的bsub内容拆分为几个彼此等待的bsub命令，而是将一些内部unix命令包含在一个bsub命令行中，这些命令使用Bourne相互等待贝壳背景＆符。

以下尝试仅产生第一个内部命令（liftOver命令）的输出，但是没有执行sort或mv。

psql

在bsub之外，这个程序可以写成如下：

bsub -q medium -J $i "liftOver $i mm10ToMm9.over.chain.gz ${i/.bed/.mm9.bed} ${i/.bed/.unlifted_to_mm9.bed} & sort -k1,1 -k2,2n ${i/.bed/.mm9.bed} > ${i/.bed/.mm9.bed}.srt & mv ${i/.bed/.mm9.bed}.srt ${i/.bed/.mm9.bed}"

Answer 1

我不知道bsub但是我可以给你一个技巧我用batch，ssh和其他一些不同的shell ：

bsub -q medium -J $i <<<"liftOver $i mm10ToMm9.over.chain.gz ${i/.be/.mm9.bed} ${i/.bed/.unlifted_to_mm9.bed} &&
     sort -k1,1 -k2,2n ${i/.bed/.mm9.bed} > ${i/.bed/.mm9.bed}.srt &&
     mv ${i/.bed/.mm9.bed}.srt ${i/.bed/.mm9.bed}"

如果必须由"开发'，可能必须更改引号（$i）的双引号（bsub）（同样，我不知道这个产品）

或

bsub -q medium -J $i <<-eocmd
    liftOver $i mm10ToMm9.over.chain.gz ${i/.be/.mm9.bed} \
         ${i/.bed/.unlifted_to_mm9.bed} &&
    sort -k1,1 -k2,2n ${i/.bed/.mm9.bed} > ${i/.bed/.mm9.bed}.srt &&
    mv ${i/.bed/.mm9.bed}.srt ${i/.bed/.mm9.bed}
        eocmd

（警告：在 $'\t' 之前，只能放置一个制表eocmd

同样，如果必须$开发$i，您可能必须转义bsub符号。

要解决 $TERM环境未设置的问题，我会暂时使用：

bsub -q medium -J $i /bin/bash <<-eocmd
    ...
        eocmd

希望这可以胜任。

在单个bsub命令中应用Bourne shell背景＆符号

1 个答案: