Question

假设我有一个如下所示的数据框：

SNP   Frequency
A     20
B     50
C     7

（当然，真正的数据帧还有更多行。）

我想要做的是将一些参数传递给命令行，这样我就可以在命令行中设置输入数据帧和频率。这是我尝试过的：

args = commandArgs()
df <-args[1]
freqsub <- subset(df, args[2],header=TRUE)

在args[2]部分，我通常会Frequency > somenumber

我知道如何处理df <- args[1]，但args[2]没有。

$ Rscript sumtest.R test.txt Frequency>20

"Error in subset.default(df, args[2], header = TRUE) : 
  argument "subset" is missing, with no default
Calls: subset -> subset.default
Execution halted"

有什么想法吗？如果需要更多信息，我很乐意编辑（我无法判断是否属于这种情况，抱歉）。

Answer 1

我认为你必须使用选项trailingOnly = TRUE：

args = commandArgs (trailingOnly = TRUE)

否则args [1] args [2]不是你所期待的......

使用trailingOnly = FALSE，您在args的第一个位置获得的信息是有关R进程如何运行的信息。

你可以这样做：

print (args)

在你的shell中查看你在args向量中真正拥有的内容。

除了“频率＆gt; 20”将在args [2]中作为一个字符...所以如果你想要作为subset函数的参数，你必须处理它。

在这种情况下，我将只将数字作为参数传递给args [2]。然后你可以这样做：

subset(df, Frequency > as.numeric (args[2]), header=TRUE)

因此，根据您的意见，我将做2个R脚本：

第一个只是为了确保您阅读正确的参数：

args = commandArgs (trailingOnly = TRUE)
myfile = args[1]
myfreq = as.numeric (args[2])
print (myfile)
print (myfreq)

你必须在你的shell中运行它：

Rscript script1.R file.txt 5

你应该得到一个输出：

file.txt
5

在你的第二个脚本中执行：

myfile = "file.txt"
myfreq = 5

## and all computations you need
df = read.table (myfile, ...
subset(df, myfreq, ...)

调试第二个文件（以交互方式）直到它工作，然后更改前两行：通过第一个文件中的（3）commandArgs行。

R - 命令行错误中的参数

1 个答案: