我的问题是，是否已经有办法自动创建应用程序？例如，在所有必要位置更改包名称的脚本？如果那是不可能的，我想询问是否有办法改变生成的R.java文件的位置？
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您无法更改R.java文件的位置。
这就是您可以一次将包名重命名为所有地方的方式。
转到AndroidManifest.xml。
将光标放在包名称中（不要选择它）。
按shift+F6，您将看到一个弹出窗口，选择重命名包。
输入新名称并选择重构。
更新：这是使用ant build重命名包名称的方法，参考SO post