我有来自ChIP-seq绑定配置文件的一些非常大的WIG文件，但我希望将假发文件上传到某些在线基因组浏览器。因此，我需要通过降低分辨率来减小假发文件的大小。
假设我不需要100 bp的窗口，我可以接受1000 bp的窗口来显示绑定配置文件。不确定是否有一些有效的算法可以做到这一点？
我可以使用java或R实现。
答案 0 :(得分：2)
目前最方便的方法是使用SPP降低Wig的分辨率，同时从Bam生成它们。
以下脚本可能很有用。
bamtowig("treat.bam","control.bam","name","OutDir",150, 50)
tag.dens<-get.smoothed.tag.density(chip.data, control.tags=input.data, bandwidth=bandwidth, step=step)
writewig(tag.dens, fname=paste(nam, ".TagDens.bd",bandwidth,".st",step,".wig", sep=""),paste("Tag Density", bandwidth, step))
另一种方法是直接解析假发，因为假发是文本文件，你可以编写一个逐行读取假发的脚本，并且可以选择合并到大窗口。对于大窗户，可以使用平均值。