Question

在最后一行，this Docker文件调用littler::install.r来安装Rcpp RcppEigen和matrixStats。

整个代码在几个月前就像一个魅力。现在，它在最后一步发生了轰炸。更准确地说，Rcpp和RcppEigen仍然完美安装，但在安装matrixStats时，我得到：

installing to /usr/local/lib/R/site-library/matrixStats/libs
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) : 
  object 'checkCompilerOptions' not found
Calls: ::: -> get
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/matrixStats’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages(f, lib, if (isMatchingFile(f)) NULL else repos) :
  installation of package ‘matrixStats’ had non-zero exit status

这是我以前从未遇到的错误，无法找到它来自哪里。什么可能导致这个问题？任何信息都会有很多帮助。

Answer 1

然而，R-devel使用摇杆/ r-devel，

docker run --rm -ti rocker/r-devel /bin/bash

RD

install.packages("matrixStats")

给出同样的错误。我猜这是另一个R-devel更改，它消除了我们之前认为理所当然的事情，在这种情况下与compiler包有关。但是，我还没有解决方案。只是（重新）安装或附加compiler没有帮助。

<强>更新

使用R CMD INSTALL --no-byte-compile允许backports为我安装，这是我遇到问题的软件包。

Answer 2

从我的头脑中，我责怪matrixStats的变化[但见下文并且看起来无可指责] - 我对所有其他活动部分有些熟悉并且没有意识到变化或错误。

但有一点可疑的是尾随线断裂：

RUN install.r Rcpp RcppEigen  matrixStats \

没有它你可以尝试。

编辑：为了实现它的价值，我通过

启动了我们的标准基础层Docker镜像r-base

docker run --rm -ti r-base /bin/bash

并调用

install.r Rcpp RcppEigen matrixStats

执行得很好。

因此，如果其他Docker容器的声音出错，您可能需要与其作者一起处理并完成相对于我们的Dockerfile的更改，他似乎已将其用作基础。

checkCompilerOptions安装包时出错（littler / Docker）

2 个答案: