Question

我需要在NetLogo中使用R扩展来进行一些网络计算。我在NetLogo中创建网络，将其导出到文本文件，让R读取文本文件并构建图形并计算属性，然后获取计算结果。 NetLogo通过R扩展名控制导出，读取，计算和获取。

但是，NetLogo和R具有不同的默认工作目录。我在更改R中的目录时断开与扩展的连接（参见R extension breaks connection to extensions directory in NetLogo）的问题正在影响我在模型上使用BehaviorSpace的尝试。

我的新方法是不更改R工作目录，而只是提供导出文件的R的完整路径。

  r:clear
  let dir pathdir:get-model
  r:eval "library(igraph)"

  ; read network in R (avoid bug of R change working directory)
  let runstring (word "r:eval \"gg <- read_graph(file = \"" dir "\\netlogo.gml\", format = \"gml\")\"")
  print runstring
  run runstring

这将生成正确的字符串，从print语句输出：

r:eval "gg <- read_graph(file = "C:\Users\Jen\Desktop\Intervention Effect\netlogo.gml", format = "gml")"

但我run runstring this nonstandard character is not allowed收到错误。通过直接将我构造的字符串放入run命令进行调试，我意识到这是因为我现在处于字符串环境中并且必须逃避（＆＃39; \＆＃39;）我的所有反斜杠和引号。也就是说，如果直接键入或包含在NetLogo代码中，该命令将起作用，如果将其作为要运行的字符串提供，则该命令将不起作用。

我还没有能够构建一个字符串来放入有效的行run runstring，甚至可以手工制作。这意味着我不知道我想要创建的字符串是什么样的。识别出适当的目标字符串后，我需要代码来获取变量＆＃39; dir＆＃39;，将其转换为字符串，将各种\字符添加到目录，将其他各种\字符添加到引号中命令，并加入它以便它运行。

任何人都可以提供一些内容以帮助我进一步发展吗？

仍在努力解决这个问题

我现在正试图倒退。找到一个有效的字符串，然后创建它。

如果我按如下方式对run命令进行硬编码，NetLogo将关闭。即使我在引号之间复制文本并将其直接输入R，它也可以达到预期的效果。

let Rstring "gg <- read_graph(file = 'C:\\Users\\Jen\\Desktop\\Intervention Effect\\Networks\\netlogo.gml', format = 'gml')"
r:eval Rstring

Answer 1

使用NetLogo的PathDir扩展名来更改默认的NetLogo目录是另一种选择吗？您可以在https://github.com/cstaelin/Pathdir-Extension/releases查看。它还有一些用于构建路径名的工具。

查尔斯

Answer 2

pathdir选项最终正常运行。以下是将来遇到类似问题的任何人的示例代码。

let filename (word "Networks/netlogo" behaviorspace-run-number ".gml")
export-simple-gml filename

r:clearLocal
let dir pathdir:get-model
set filename (word dir "/" filename)
r:put "fn" filename
r:eval "gg <- read_graph(file = fn, format = 'gml')"
r:eval "V(gg)$name <- V(gg)$id"          ; gml uses 'id', but igraph uses 'name'

我有一个单独的实际导出过程，它构造了一个简化的gml文件，因为igraph格式文件的gml导入有些瘫痪。这是上面代码中调用的过程，相关部分是：

to export-simple-gml [ FN ]
  carefully [ file-close-all ] [ ]
  carefully [ file-delete FN ] [ ]
  file-open FN
  file-print <line to write to file>
  ...
end

NetLogo中R扩展的文件传输 - 带反斜杠和引号

2 个答案: