Question

我使用XLConnect包导入了一个excel文件：

 data <- loadWorkbook("C:/Users...")
 data <- readWorksheet(data, sheet = "Blad1")

数据由包含字符串和数字的列组成。有些列包含指数数字，例如：“8.55×10-23”（应为10 ^ -23）。所有这些列都被导入为字符向量而不是数字向量，我可以理解。但是我尝试了一些不同的方法将这些列转换为数字向量而没有成功：

试图（在这种情况下为第9列）：

data[, 9] <- gsub(" × 10", "*10^(", data[, 9])
data[, 9] <- paste(data[, 9], ")", sep = "")

实际上成功地使指数数字看起来像：8.94 * 10 ^（ - 11）。然后我尝试了：

data[, 9] <- lapply(data[, 9], as.numeric)
print(data)

但是我在那一栏中得到了NA。

我也尝试将NA的数字改为8.94x10 ^（ - 11），8.94 * 10 ^ -11,8.94 * 10E-11,8.94 * e（-11）（以及其他组合），在*和x和^之前添加/和//（以便将符号读作算术运算符而不是字符），但它没有帮助。如果我直接在控制台中键入表达式8.94 * 10 ^（ - 11），它可以正确评估它并成为数字。我也尝试在readWorksheet中创建参数colTypes，但是我还没能得到正确的语法（我认为），而且我没有在互联网上找到有效的例子（我真的不明白帮助文件那个论点）。

如果有人有解决方案，那真的很有帮助，因为我觉得我真的错过了一些明显的东西。我事先为这个问题的愚蠢问题/坏解释道歉，我对R来说很新... =）

非常感谢你的帮助！

此致，

Sinael

编辑：

到目前为止，我的代码看起来像这样：

 GWAS_data <- function () {
    library(XLConnect)
    GWAS_data <- loadWorkbook("C:/Users...") #where the data is located on my computer

    GWAS_data2 <- readWorksheet(GWAS_data, sheet = "Blad1")

    GWAS_data2[, 9] <- gsub(" × 10", "\\*10\\^\\(", GWAS_data2[, 9])

 # Starting with just trying to transform column 9:

    GWAS_data2[, 9] <- paste(GWAS_data2[, 9], ")", sep = "")

    GWAS_data2[, 9] <- lapply(GWAS_data2[, 9], as.numeric)
            print(GWAS_data2)
            print(lapply(GWAS_data2, class))

然后我最终将第9列作为NA值...... 并且数据是一个.xls文件，第一行数据看起来像这样，在libre office文档中我无法找到如何在这里上传=）：

rs131 4 44870448 GNPDA2 T / C 0.44 0.067 0.007 8.94×10-11 4.29×10-18 1.58×10-23

或者如果您喜欢用逗号分隔：

rs131,4,44870448，GNPDA2，T / C，0.44,0.067,0.007,8.94×10-11,4.29×10-18,1.58×10-23

感谢您的帮助！

Answer 1

尝试使用科学记谱法的格式，如下所示：

s <- '8.94*10^(-11)'
s <- gsub("\\*10\\^", "e", s)
s <- gsub('\\(|\\)', '', s)
as.numeric(s)
[1] 8.94e-11

Answer 2

不知怎的，我解决了它。首先我更改了函数的第一部分，我使用read.csv而不是使用XLConnect包。 read.csv自动转换所有＆＃34; ^＆＃34; to＆＃34;？＆＃34;，但是我用gsub将它们改成标准格式，即＆＃34; 8.94e-11＆＃34;。

但是，我认为主要问题出在功能的第二部分：

  GWAS_data2[, 9] <- lapply(GWAS_data2[, 9], as.numeric)

我在某处读到，如果它的单个列，该函数将其视为一个向量，并且当我这样编写时，问题就解决了，并且将第9列转换为第11列而不仅仅是第9列：

 GWAS_data2[, 9:11] <- lapply(GWAS_data2[, 9:11], as.numeric)

不太明白为什么它有效，但我到了那里。谢谢你的帮助！

将列中的对数表达式从字符转换为数字类

2 个答案: