在R中编辑序列后，如何以xml格式获取输出文件？

Question

$("#all .div-wrap:last-child .div-1").addClass("div-"+newCount).removeClass("div-1");

这是我的代码。但我希望以xml格式输出。如果我将.txt更改为.xml

，它不会提供xml格式的输出

Answer 1

这真的不是一个程序问题。您应该指定tblastn的参数以获得所需的输出格式。这里＆＃34; -outfmt 5＆＃34;。见http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279675/

for (i in 1:2) { 
    query_fn <- paste0("data/query_sequences/query",as.character(i),".txt") 
    output_fn <- paste0("data/output/output",as.character(i),".xml")
    system(paste("tblastn -query", query_fn, "-db data/genomes/bac_gen_db -outfmt  -out", output_fn)) 
}