用来自R的系统调用来调用Qiime

Question

HeJ小鼠，

当我尝试使用QIIME的系统调用来呼叫R时，即

system2("macqiime")

R停止响应。但是，其他命令行程序没有问题。

是否可以通过R从system2()调用某些程序？

  

MacQIIME版本：   MacQIIME 1.8.0-20140103

     

采购MacQIIME环境变量......

     

除了默认设置外，这与普通的终端shell相同     python是不同的（/ macqiime / bin / python），还有其他新的     PATH中与QIIME相关的事情。

（请注意，我主要有兴趣从QIIME拨打R Markdown engine = "sh"也失败了。但我强烈怀疑这些问题是否相关）

Answer 1

根据我的经验，当您从unix命令行调用Qiime时，它通常会创建一个自己的虚拟shell来运行其命令，这与常规系统命令（如ls或mv）不同。我怀疑你可能无法从R内部运行Qiime，除非你模仿Qiime所需的相同shell或配置。我试图从python脚本运行它并没有成功。