Question

我输入文件如下所示，需要为每3列三元组执行此转换col1*0 + col2*1 + col3*2。

input.txt - 所有正数，可以是小数，真实文件有1000列。

0 0 0 1 0 0
0 1 0 0 0 1
0 0 1 0 0 0

我有以下gawk专栏：

gawk '{for(i=1;i<=NF;i+=3)x=(x?x FS:"")(($(i+1))+($(i+2)*2));print x;x=y}' input.txt
0 0
1 2
2 0

此外，我需要检查3个数字是否全为零，如果它们都是零，则转换应为-9。

伪代码：

if($i==0 & $(i+1)==0 & $(i+2)==0) {-9} else {$(i+1)+$(i+2)*2}
#or as all numbers are positive.
if(($i+$(i+1)+$(i+2))==0) {-9} else {$(i+1)+$(i+2)*2}

预期产出：

-9 0
1 2
2 -9

数据描述 该数据来自IMPUTE2软件 - 基因型插补和单倍型定相计划。行是SNP，列是样本。每个SNP由3列表示。每个SNP 3个数字，范围0-1（等位基因AA AB BB的概率）。因此，在上面的例子中，我们有3个SNP和2个样本。插补也可以表示为剂量值，每个SNP 1个数，范围0-2。我们试图将概率格式转换为剂量格式。当IMPUTE2无法向任何等位基因提供任何概率时，它会输出0 0 0，然后我们应该转换为无调用-9。

Answer 1

如果三个给定列为0，您希望总和不同。为此，您可以将三元运算符展开为类似＆gt;

的运算符

gawk '{ for(i=1;i<=NF;i+=3) {
          x=$(i+1) + $(i+2)*2;   # the sum
          res=res (res ? FS : "") ($i==0 && $(i+1)==0 && $(i+2)==0 ?-9:x)
        }
       print res; res=""         # print stored line and empty for next loop
      }' file

也就是说，如果所有元素都是-9，则附加值0。否则，计算出的x：

res=res (res ? FS : "") ($i==0 && $(i+1)==0 && $(i+2)==0 ?-9:x)
                         ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^   ^
                           if three columns are 0..........|

如果所有值均为正数，则可以重新格式化检查以仅比较总和是否为0。

($i + $(i+1) + $(i+2)) ? x : -9

使用您的文件进行测试显然有效：

$ gawk '{for(i=1;i<=NF;i+=3) {x=$(i+1) + $(i+2)*2; res=res (res ? FS : "") ($i==0 && $(i+1)==0 && $(i+2)==0 ?-9:x)} print res; res=""}' file
-9 0
1 2
2 -9

Answer 2

另一个$ awk '{c1=$2+2*$3;c2=$5+2*$6; print c1||$1?c1:-9,c2||$4?c2:-9}' lop -9 0 1 2 2 -9单行（假设非负输入值）

{{1}}

如果操作员在里面循环

2 个答案: