Question

我正在从多个文件创建一个摘要表。我从4个文件中导入数据，file1 ... file4，并使用reshape2包进行了一些合并/操作，所以我的数据如下所示：

 chr.list positions sample ref alt depth freq sum  min.prop
 chr1     12428     file4   C   a    52    2  14 0.2857143
 chr1     12428     file4   C   a    52    2  14 0.2857143
 chr1     12428     file3   C   c    52    1  18        NA
 chr1     12428     file3   C   g    52    2   4 0.5000000
 chr1     12428     file1   C   g    52    2   4 0.5000000
 chr1     12428     file2   C   t    52    2  16 0.1875000

现在，我想分离四个文件中每个文件的数据，但是将它保存在同一个数据框中。我希望保持chr.list，positions，ref和alt列不变，但希望删除列sample，将列值与列{{}合并1}}，depth，freq和sum并投放数据，使其看起来像：

min.prop

我该怎么办？我猜是使用dcast但我不确定。

谢谢！

Answer 1

重塑是直截了当的：

dd <- read.table(header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE,
  text = "chr.list positions sample ref alt depth freq sum  min.prop
 chr1     12428     file4   C   a    52    2  14 0.2857143
 chr1     12428     file4   C   a    52    2  14 0.2857143
 chr1     12428     file3   C   c    52    1  18        NA
 chr1     12428     file3   C   g    52    2   4 0.5000000
 chr1     12428     file1   C   g    52    2   4 0.5000000
 chr1     12428     file2   C   t    52    2  16 0.1875000")

n <- names(dd)
rr <- reshape(dd[!duplicated(dd$sample), ], direction = 'wide', sep = '~',
              idvar = n[c(1:2,4:5)], v.names = n[6:9], timevar = n[3])

#   chr.list positions ref alt depth~file4 freq~file4 sum~file4 min.prop~file4
# 1     chr1     12428   C   a          52          2        14      0.2857143
# 3     chr1     12428   C   c          NA         NA        NA             NA
# 5     chr1     12428   C   g          NA         NA        NA             NA
# 6     chr1     12428   C   t          NA         NA        NA             NA
#   depth~file3 freq~file3 sum~file3 min.prop~file3 depth~file1 freq~file1
# 1          NA         NA        NA             NA          NA         NA
# 3          52          1        18             NA          NA         NA
# 5          NA         NA        NA             NA          52          2
# 6          NA         NA        NA             NA          NA         NA
#   sum~file1 min.prop~file1 depth~file2 freq~file2 sum~file2 min.prop~file2
# 1        NA             NA          NA         NA        NA             NA
# 3        NA             NA          NA         NA        NA             NA
# 5         4            0.5          NA         NA        NA             NA
# 6        NA             NA          52          2        16         0.1875

订单和列名称不是reshape问题，因此您需要自己执行此操作：

找到使用~投射的变量，按波浪号分割，反转，然后折叠回字符串。然后以某种方式重新排序列

idx <- grepl('~', names(rr))
names(rr)[idx] <- sapply(strsplit(names(rr)[idx], '~'),
  function(x) paste0(rev(x), collapse = '_'))
rr[, c(1:4, order(names(rr)[-(1:4)]) + 4)]

#   chr.list positions ref alt file1_depth file1_freq file1_min.prop file1_sum
# 1     chr1     12428   C   a          NA         NA             NA        NA
# 3     chr1     12428   C   c          NA         NA             NA        NA
# 5     chr1     12428   C   g          52          2            0.5         4
# 6     chr1     12428   C   t          NA         NA             NA        NA
#   file2_depth file2_freq file2_min.prop file2_sum file3_depth file3_freq
# 1          NA         NA             NA        NA          NA         NA
# 3          NA         NA             NA        NA          52          1
# 5          NA         NA             NA        NA          NA         NA
# 6          52          2         0.1875        16          NA         NA
#   file3_min.prop file3_sum file4_depth file4_freq file4_min.prop file4_sum
# 1             NA        NA          52          2      0.2857143        14
# 3             NA        18          NA         NA             NA        NA
# 5             NA        NA          NA         NA             NA        NA
# 6             NA        NA          NA         NA             NA        NA

将单列值加入多个列名称并展开数据帧

1 个答案: