使用特定的virtualenv在Jupyter笔记本中执行Python脚本

Question

我想在Jupyter笔记本中执行一个长期运行的Python脚本，这样我就可以破解中期生成的数据结构。

该脚本具有许多依赖项和命令行参数，并使用特定的virtualenv执行。是否可以从指定的virtualenv（与Jupyter安装的不同）交互式地在笔记本中运行Python脚本？

谢谢！

Answer 1

这里有什么对我有用（非conda python）： （MacOS，python的brew版本。如果你正在使用系统python，你可能（将）需要在sudo之前添加每个命令）

首先激活virtualenv

如果重新开始，那么，例如，你可以使用virtualenvwrapper

$pip install virtualenvwrapper
$mkvirtualenv -p python2 py2env 
$workon py2env

# This will activate virtualenv

(py2env)$ 

# Then install jupyter within the active virtualenv
(py2env)$ pip install jupyter

# jupyter comes with ipykernel, but somehow you manage to get an error due to ipykernel, then for reference ipykernel package can be installed using:
(py2env)$ pip install ipykernel

接下来，设置内核

(py2env)$ python -m ipykernel install --user --name py2env --display-name "Python2 (py2env)"

然后启动jupyter笔记本（此步骤不需要激活venv）

(py2env)$ jupyter notebook
# or
#$ jupyter notebook

在jupyter笔记本下拉菜单中：Kernel >> Change Kernel >> <list of kernels>您应该看到Python2 (py2env)内核

这也使得识别内核的python版本变得容易，并且可以并排维护。

这是指向详细文档的链接 http://ipython.readthedocs.io/en/stable/install/kernel_install.html

Answer 2

在其他笔记本中提供笔记本内核的更简单的解决方案。

我正在使用Linux + virtualenv + virtualenvwrapper。如果您使用不同的设置，请将某些命令更改为相应的命令，但您应该明白这一点。

mkvirtualenv jupyter2
workon jupyter2
(jupyter2) pip install jupyter
(jupyter2) ipython kernel install --name "jupyter2_Python_2" --user

last命令创建~/.local/share/jupyter/kernels/jupyter2\ python\ 2/目录

相同的东西3

mkvirtualenv -p /usr/bin/python3 jupyter3
// this uses python3 as default python in virtualenv
workon jupyter3
(jupyter3) pip install jupyter
(jupyter3) ipython kernel install --name "jupyter3_Python_3" --user

完成后，您应该看到两个内核，无论您使用什么环境来启动jupyter。 您可以直接在~/.local/share/jupyter/kernels/中删除指向内核的链接。 如果您想仅从一个笔记本运行多个kerenel，请指定位置为ipython kernel install (--help)提供选项或仅将目录从~/.local/share/jupyter/kernels/复制到~/envs/jupyter3/share/jupyter。

Answer 3

我发现此链接非常有用：

https://ocefpaf.github.io/python4oceanographers/blog/2014/09/01/ipython_kernel/

确保你将jupyter安装到你的virtualenv中。如果链接稍后消失，请点击这里：

您需要创建一个新内核。您使用JSON文件指定内核。您的内核通常位于~/.ipython/kernels。创建一个名为virtualenv的目录，并在其中创建kernel.json文件。例如，我的一条路径看起来像~./ipython/kernels/datamanip/kernel.json

这是我的kernel.json文件的样子：

{
  "display_name": "Data Manipulation (Python2)",
  "language": "python",
  "codemirror_mode": {
    "version": 3,
    "name":"ipython"
  },
  "argv": [
    "/Users/ed/.virtualenvs/datamanip/bin/python",
    "-c",
    "from IPython.kernel.zmq.kernelapp import main; main()",
    "-f",
    "{connection_file}"
    ]
}

我不确定codemirror_mode对象到底在做什么，但它似乎没有任何伤害。

Answer 4

基于documentation

，这非常简单

您可以为您的IPython笔记本使用virtualenv。按照以下步骤，实际上不需要第一步，只需确保通过source ~/path-to-your-virtualenv/

激活您的virtualenv

1. 将ipython内核模块安装到virtualenv

   中

   workon my-virtualenv-name＃激活你的virtualenv，如果你还没有 pip install ipykernel

2. （最重要的一步）现在运行内核“自安装”脚本：

   python -m ipykernel install --user --name = my-virtualenv-name 根据需要更换--name参数。

3. 您现在应该能够在IPython笔记本菜单中看到您的内核：Kernel -> Change kernel并能够切换到它（您可能需要在页面出现之前刷新页面）。 IPython将记住从那时起用于该笔记本的内核。

Answer 5

@ singer的解决方案对我不起作用。这是有效的：

. /path/to/virtualenv/.venv/bin/activate
python -m ipykernel install --user --name .venv --display-name .venv

参考：Kernels for different environments（官方文档）

Answer 6

nb_canda很有用：

conda install nb_conda

因此，您可以使用conda虚拟环境创建和选择自己的python内核，并在venv中管理软件包

屏幕截图

列表项

jupyter笔记本电脑中的conda环境管理器“ Conda”选项卡使您可以直接在笔记本电脑内部管理环境。

更改内核 您还可以通过使用“内核”菜单中的“更改内核”选项来选择运行笔记本的内核