如何绘制没有背景连接或标签的网络？ R pegas

Question

我按照this question的说明使用pegas包制作了单倍型网络。它已成功绘制，但从下图中可以看出，绘制了所有连接标签，使图形具有拥挤的外观。我该如何删除它们。

plot(net, size = attr(net, "freq"), pie=ind.hap, fast = TRUE, legend=F, label=NULL, vertices.last=F)
legend('topleft', capitalize(colnames(ind.hap)), col=rainbow(ncol(ind.hap)), pch=20, cex=0.7)

Answer 1

我相信您可以通过在threshold = 0来电中设置plot()来调整，即：

plot(net, size = attr(net, "freq"), pie=ind.hap, fast = TRUE, legend=F, label=NULL, threshold = 0)

有关详细信息，请参阅?pegas::plot.haploNet的帮助。另请注意，您提到的帖子（here）有一个错误，其中饼图被错误地着色（我已对其进行了评论并发布了更正的答案here）。< / p>

Answer 2

您可能想尝试：

plot(net, size = attr(net, "freq"), pie=ind.hap, fast = TRUE, legend=F, label=NULL, vertices.last=F), col=rainbow(ncol(ind.hap)), pch=20, cex=0.7)

这是没有图例的代码（＆＃39; topleft＆＃39;，大写（colnames ....）参数。

这有用吗？