我最近在R中开始编码,我读到apply函数比for循环更快。
假设我想从矢量中提取数字并将它们插入列表中。使用for循环这不是问题。但是,我很好奇这是否也可以使用apply函数,如果这样做有意义的话。我有类似的想法(这是行不通的):
some.list <- list()
some.vector <- 1:10
sapply(1:10,function(i){some.list[[i]] <- some.vector[i]})
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有各种不同的方法来创建包含向量元素的列表(我将始终使用的那个元素将是as.list
)。您可以使用R基准测试包来自己测试哪个更快:
fun1 <- function(v) as.list(v)
fun2 <- function(v) {
l <- vector("list", length(v)) # Thanks to @MrFlick for pre-allocation tip
for (i in seq_along(v)) {
l[[i]] <- v[i]
}
l
}
fun2a <- function(v) {
l <- vector("list", length(v)) # Thanks to @MrFlick for pre-allocation tip
sapply(seq_along(v), function(i) l[[i]] <<- v[i])
l
}
fun3 <- function(v) lapply(v, identity)
fun3a <- function(v) sapply(v, identity, simplify=FALSE)
fun4 <- function(v) unname(split(v, seq_along(v)))
v <- 1:10000
# Check if all return same thing (see http://stackoverflow.com/a/30850654/3093387)
all(sapply(list(fun2(v), fun2a(v), fun3(v), fun3a(v), fun4(v)), identical, fun1(v)))
# [1] TRUE
library(microbenchmark)
microbenchmark(fun1(v), fun2(v), fun2a(v), fun3(v), fun3a(v), fun4(v))
# Unit: microseconds
# expr min lq mean median uq max neval
# fun1(v) 139.543 178.5015 283.7498 218.720 288.1555 3730.439 100
# fun2(v) 6809.344 7465.1110 9326.7799 7912.763 10881.0305 16963.567 100
# fun2a(v) 10790.471 13786.2335 15912.5338 15089.547 15787.3085 71504.328 100
# fun3(v) 4132.854 4545.2085 6612.3504 4768.798 7947.0820 63608.519 100
# fun3a(v) 4147.731 4537.0010 5887.4457 4805.952 7604.4250 13613.517 100
# fun4(v) 3341.360 3508.2995 3798.4246 3599.220 3797.1200 7565.591 100
对于长度为10000的列表,as.list
约为lapply
的15倍,sapply
的{{1}}或simplify=FALSE
。反过来,这三个选项比for循环快2-3倍,split
快sapply
(使用预先分配的输出列表;如果我们不预先分配,它会慢大约75倍)。简而言之,<<-
和sapply
具有相似的运行时(for
实际上看起来有点慢),并且两者都比此操作的向量化函数慢得多。