如何检索R中特定基因的基因注释信息(更具体 - 功能)?

时间:2015-10-12 06:41:35

标签: r annotations bioconductor genetics

我有一个基因列表作为我的eset的行名,如:

iDs <- head(rownames(eset))

 [1] "LGI1"   "ATE1"   "NELL1"  "CCND1"  "FADD"   "PPFIA1" "ORAOV1" "FOXN4"  "NOVA1"  "PTGER2" "GPX2"   "DLK1"  
[13] "ZG16"   "MYH2"   "NPTX1" 

如何在R?

中找到这些基因的GO信息(更具体:功能)

这是我的解决方案,但我不确定我是否做得对:

library (biomaRt)
mart = useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")
getGene( id = iDs[1] , type = "hgnc_symbol", mart = mart)

  hgnc_symbol hgnc_symbol                                                           description chromosome_name
1        LGI1        LGI1 leucine-rich, glioma inactivated 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6572]              10
    band strand start_position end_position ensembl_gene_id
1 q23.33      1       93757809     93798174 ENSG00000108231

正如我之前提到的,我想要的是找出这些基因的功能而不是描述或它们的位置?

任何帮助将不胜感激。 谢谢,

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