R igraph顶点间距

Question

我正在使用igraph来绘制网络，并且似乎无法使节点（顶点）没有被绘制在彼此之上。

我的代码：

g<-graph.empty(n=0, directed=FALSE)
nodes<-my_verts
edge<-my_intra_edges
freq<-nodes[,2]
max_freq<-sum(freq)
frequency<-freq*50/max_freq
colour1<-heat.colors(max_freq/2+2)
colour<-rev(colour1)
g<-igraph::add.vertices(g, length(nodes[,2]), name=as.character(nodes[,1]),     color=colour[freq/2+2])
names<-V(g)$name
ids<-1:length(names)
names(ids)<-names
from<-as.character(edge[,1])
to<-as.character(edge[,2])
edges<-matrix(c(ids[from], ids[to]), nc=2)
my_weight<-edge[,3]
g<-add.edges(g, t(edges), weight=my_weight)
V(g)$label<-V(g)$name
my_radius<-sqrt(my_verts[,2]/pi)
V(g)$size<-my_radius
V(g)$label.cex<-0.0001
del_ids<-intersect(which(degree(g)==0), which(freq==1))
g1<-delete.vertices(g, ids[del_ids])
length(del_ids)
jpeg(file="BC9.jpeg", height=7016, width=7016, res=600)
par(mfrow=c(1,1), mar=c(5,5,5,5))
title=c("BC9")
layout<-layout_with_graphopt(g1, niter=800)
plot(g1, layout=layout, edge.color="darkblue", main=title, edge.width=0.2)
dev.off()

这将当前将大多数节点绘制为独立点，但是一些节点相互叠加。有没有办法让节点有更好的间距？ 感谢。

Answer 1

我对igraph有同样的问题，这些算法提供的布局似乎并不能防止节点重叠。

有人可能会想出一个好的igraph唯一的解决方案，但我目前非常繁琐的解决方法是：我在Gephi上打开网络，然后我使用Force Atlas 2算法检查“防止重叠”选项，我保存.gexf文件，然后我从文件中提取x，y，z坐标，然后将其用作igraph中的布局。

Answer 2

据我了解，绘图的坐标已重新缩放，但您可以使用rescale参数停止该操作并手动执行操作。您也可以使用norm_coords()用您具有的边界对图进行归一化。我不了解其中的所有细节，但是对我有用。

library(igraph)

g <- barabasi.game(100) # create a graph

lo <- layout_with_kk(g) # create a layout

lo <- norm_coords(lo, ymin=-1, ymax=1, xmin=-1, xmax=1)
# I think this tells igraph to normalize the coordinates of the 
# layout relative to the space you're working with

# see how it works
par(mfrow=c(1,2), mar=c(0,0,0,0))

plot(g, edge.arrow.width = .25,
     edge.arrow.size = .25,
     vertex.label = NA,
     vertex.size = 5, 
     rescale=FALSE, 
     layout=lo*0.25)
plot(g, edge.arrow.width = .25,
     edge.arrow.size = .25,
     vertex.label = NA,
     vertex.size = 5, 
     rescale=FALSE, 
     layout=lo*1)

^{由reprex package（v0.3.0）于2020-09-10创建}