Question

我是ggplot2的新手，我很难通过2个因子为每个基因制作一个条形图。

我想用2个因子分别绘制每个基因：“cell_type”和“age”。

x轴表示“细胞类型”（6）类别，并且每个“细胞类型”类别内应该是5个代表“年龄”类别的条。 y轴代表基因表达值（平均值+误差条）。

我的代码：

mat= t(exprs(eSet))
colnames(mat) = fData(eSet)$Symbol
rownames(mat = pData(eSet)$genotype
GENOTYPE <- rownames(mat)
AGE <- pData(eSet)$age
d.f_all_genes2 <- data.frame(GENOTYPE, AGE, mat)

d.f_all_genes2[1:3,1:10]

GENOTYPE AGE X1.2.SBSRNA4 A1BG A1BG.AS1 A1CF A2LD1 A2M A2ML1 A2MP1
1 rag_a   54            0    0        0    0     0   0     0     0
2 rag_wt  54            0    0        0    0     0  18     0     0
3 wt_wt   54            0    0        0    0     0   1     0     0

melted <- melt(d.f_all_genes2, id.vars="GENOTYPE") 
head(melted)

           GENOTYPE   variable value
1           rag_a       AGE     54
2           rag_wt      AGE     54
3           wt_wt       AGE     54

不幸的是，我失去了所有的基因。

我还打算做以下事情：

means <- ddply(melted, c("AGE", "variable"), summarise, mean=mean(value))
means.sem <- ddply(melted, c("AGE", "variable"), summarise, mean=mean (value),sem=sd(value)/sqrt(length(value)))
means.sem <- transform(means.sem, lower=mean-sem, upper=mean+sem)

ggplot(means[means$variable == "GENE of Interest=Symbol",], aes(x = factor(AGE), y = mean))  + geom_bar(stat= "identity", colour = "blue", outlier.shape = NA)+ facet_grid(~GENOTYPE) + facet_wrap(~variable) +  ylab(expression(paste(Log[2], " Expression Values"))) + theme(axis.text=element_text(size=13, color="black"),axis.title=element_text(size=12, face="bold",color="black"), plot.title=element_text(size=14,face="bold", color="black"), strip.text.x = element_text(colour = "black", face= "bold",angle = 0, size = 20))

非常感谢任何建议和帮助如何使其发挥作用。

提前多多感谢。

Answer 1

从您的示例中很难看出，但在下面我将假设您的原始表格对于每个年龄/基因型组合都有多行。

评论中的第一个aosmith是关于熔化声明的。您还可以为变量指定名称以使事情更清晰。声明应该是：

>melted <- melt(d.f_all_genes2, id.vars=c("GENOTYPE", "AGE"), variable_name="Symbol")
   GENOTYPE AGE       Symbol value
1     rag_a  54 X1.2.SBSRNA4     0
2    rag_wt  54 X1.2.SBSRNA4     0
3     wt_wt  54 X1.2.SBSRNA4     0
4     rag_a  54         A1BG     0
5    rag_wt  54         A1BG     0
6     wt_wt  54         A1BG     0
....<SNIP>...

现在您拥有正确形式的数据，以及绘制它的时间。它总是难以描述你想要的东西，但我想你想要一个面板网格，基因型从左到右排列，基因从上到下排列。你可能想要考虑点而不是条形，然后将所有基因型放在一个图上，但这就是你如何做棒。

首先，您要绘制的数据是融化的数据

> gg <- ggplot(melted)

在x轴上，您需要AGE和y value，所以：

> gg <- gg + aes(x=AGE, y=value)

你想要一个面板或方面的网格，所以：

> gg <- gg + facet_grid(Symbol~GENOTYPE)

现在是一个巧妙的伎俩。 ggplot可以使用stat_summary处理您的摘要，因此无需事先进行。

> gg <- gg + stat_summary(fun.y=mean, geom="bar", fill="blue")

添加条形图。您还需要添加错误栏，我将定义一个sem函数以使其更整洁：

> sem <- function(x) sqrt(var(x)/length(x))
> gg <- gg + stat_summary(fun.ymin=function(x) mean(x)-sem(x),
+                         fun.ymax=function(x) mean(x)+sem(x), 
+                         fun.y=mean,
+                         geom="errorbar")

剩下的就是添加格式

> gg <- gg + ylab(expression(paste(Log[2], " Expression Values"))) + theme(axis.text=element_text(size=13, color="black"),axis.title=element_text(size=12, face="bold",color="black"), plot.title=element_text(size=14,face="bold", color="black"), strip.text.x = element_text(colour = "black", face= "bold",angle = 0, size = 20))

用ggplot2进行基因表达的barplot

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