Question

我有一组代码，我想通过.py文件而不是.bat文件按顺序运行，我该怎么办？我有以下代码：

   #!/usr/bin/python
   import sys
   import os
   bashCommand = "./available_itemsawk.sh"
   os.system(bashCommand)
   python_command="python run_process.py"
   os.system(python_command)

我有两个问题： 1）我有shell脚本（available_itemsawk.sh），如下所示：

  #!/bin/bash
  join -1 4 -2 1 -o 1.1,1.2,1.3,1.4,1.5,1.6,2.2 <(sort -k4 abc.txt) <(sort -k1 cdf.txt) > join.txt
  awk '{print $1"\t"$2"\t"$3"\t"$4"\t"$5"\t"$6}' join.txt > temp
  mv temp join.txt

然而，当我通过python脚本调用并运行它时，我收到以下错误：

  sort: write failed: standard output: Broken pipe
  sort: write error

2）如何通过os.system进程串行运行脚本？

      abc.txt
      chr7  99999667    100000138   ENSG00000078487:I17.1       -
      chr7  100000139   100000199   ENSG00000078487:E17.1   ENSE00001180416 -
      chr9  100000046   100000367   ENSG00000203279:E2.1    ENSE00001678182 -
      chr3  99998605    100000561   ENSG00000036054:I5.1        +
      chr3  100000562   100000586   ENSG00000036054:E6.1    ENSE00001916783 +
      chr3  100000586   100000691   ENSG00000036054:E6.2    ENSE00003639820|ENSE00001916783 +
      chr9  99983518    100000704   ENSG00000159712:I1.1        -
      chr9  100000368   100000704   ENSG00000203279:I1.1        -
      chr9  100000731   100000765   ENSG00000254876:E1.1    ENSE00002183448 +
      chr9  100000765   100000779   ENSG00000197816:E1.1    ENSE00003621967 +


      cdf.txt
      ENSG00000078487:I17.1
      ENSG00000254876:E1.1
      ENSG00000036054:E6.1  
      ENSG00000036054:I5.1  
      ENSG00000197816:E1.1

Answer 1

我无法评论（还没有50分），这是我最好的猜测。

这似乎是权限问题。每个脚本（批处理和python）的单独权限，或者您在脚本标题中定义的内容。

当您的批处理文件包含#!/usr/bin/python

时，您的python脚本包含#!/bin/bash

这可能不是您问题的核心。但它让我想到，你的.py脚本中的一个可能是由权限低于批处理脚本或者你的.txt文件所需权限的用户拥有或执行的。

我确保您的所有脚本和输入/输出文件都不需要提升权限。您是以用户还是root身份运行它们？这些是可读的，可写的，可由用户执行还是只是root？

Arch Linux file permissions wiki entry.

在python中运行批处理文件

1 个答案: