htsjdk间歇索引fasta读错误

Question

我有一个间歇性地从htsjdk.samtools.reference.IndexedFastaSequenceFile获取异常的问题：

htsjdk.samtools.SAMException：序列字典和索引包含不同数量的重叠群 要么 htsjdk.samtools.SAMException：无法获取......

问题是我一遍又一遍地调用相同的代码，只是间歇性地得到这个错误。

我建议错误信息实际上是误导性的，特别是在序列字典响应的情况下。

Answer 1

我最终将此跟踪到线程中断异常 该程序使用多个线程，每个线程都有自己的fasta读取器实例。我重新设计了软件，以便我不会在线程上调用中断并通过不同的机制关闭，但这需要花费很长时间才能跟踪。

回想起来可能很明显。

建议，htsjdk.samtools应该尝试捕获中断异常，以便更容易找出问题所在。