Question

#!/bin/bash
#$ -N para_three
#$ -q all.q
#$ -pe mpi 30
/home/abhishekb/netlogo/netlogo-5.2.0/netlogo-headless.sh \
    --model /home/abhishekb/models/try4.nlogo \
    --experiment experiment1 \
    --table /home/abhishekb/csvresults/24.04_Results.csv

错误：

Exception in thread "JobThread" 
Exception: java.lang.OutOfMemoryError thrown from the UncaughtExceptionHandler in thread "JobThread"
Exception in thread "JobThread" 
Exception: java.lang.OutOfMemoryError thrown from the UncaughtExceptionHandler in thread "JobThread"
Exception in thread "JobThread" 
Exception: java.lang.OutOfMemoryError thrown from the UncaughtExceptionHandler in thread "JobThread"

为什么，我不明白？我找到了使用64位java运行NetLogo的建议。但是[1] [2]链接已过期，请提供帮助。

令人惊讶的是，早些时候我在NetLogo 5.1上运行它并且从未出现过这个错误。

脚本更改：我试着在最后添加线程：

#!/bin/bash
#$ -N para_three
#$ -q all.q
#$ -pe mpi 30
/home/abhishekb/netlogo/netlogo-5.2.0/netlogo-headless.sh \
    --model /home/abhishekb/models/try4.nlogo \
    --experiment experiment1 \
    --table /home/abhishekb/csvresults/24.04_Results.csv \
    --threads 30

新错误：

Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: PermGen space
    at java.lang.ClassLoader.defineClass(ClassLoader.java:800)
    at java.lang.ClassLoader.defineClass(ClassLoader.java:643)
    at org.nlogo.generator.CustomClassLoader.loadClass(CustomClassLoader.scala:27)
    at org.nlogo.generator.CustomClassLoader.loadBytecodeClass(CustomClassLoader.scala:32)
    at org.nlogo.generator.Generator$InstructionGenerator.finish(Generator.scala:241)

编辑3：

#!/bin/sh
cd "`dirname "$0"`"             # the copious quoting is for handling paths with spaces
#-Xmx3000m                     use up to 1GB RAM (edit to increase)
# -Dfile.encoding=UTF-8         ensure Unicode characters in model files are compatible cross-platform
# -classpath NetLogo.jar        specify main jar
# org.nlogo.headless.Main       specify we want headless, not GUI
# "$@"                          pass along any command line arguments
-XX:MaxPermSize=3200m          avoid OutOfMemory errors for large models
java -Xmx1024m -Dfile.encoding=UTF-8 -classpath NetLogo.jar org.nlogo.headless.Main "$@"

错误：

/home/abhishekb/netlogo/netlogo-5.2.0/netlogo-headless.sh:8行：-XX：MaxPermSize = 3200m：找不到命令线程“main”中的异常java.lang.OutOfMemoryError：PermGen空间at java.lang.ClassLoader.defineClass（ClassLoader.java:800）at java.lang.ClassLoader.defineClass（ClassLoader.java:643）at org.nlogo.generator.CustomClassLoader.loadClass（CustomClassLoader.scala：27）在 org.nlogo.generator.CustomClassLoader.loadBytecodeClass（CustomClassLoader.scala：32）在 org.nlogo.generator.Generator $ InstructionGenerator.finish（Generator.scala：241）在 org.nlogo.generator.Generator $ InstructionGenerator.generate（Generator.scala：93）在 org.nlogo.generator.Generator.org $ nlogo $ $发电机发电机$$递归（Generator.scala：28）在 org.nlogo.generator.Generator $ InstructionGenerator $$ anonfun $ generateOldStyleCall $ 1.适用（Generator.scala：208）在 org.nlogo.generator.Generator $ InstructionGenerator $$ anonfun $ generateOldStyleCall $ 1.适用（Generator.scala：208）在 scala.collection.TraversableLike $$ anonfun $表$ 1.适用（TraversableLike.scala：233）在 scala.collection.TraversableLike $$ anonfun $表$ 1.适用（TraversableLike.scala：233）在 scala.collection.IndexedSeqOptimized $ class.foreach（IndexedSeqOptimized.scala：34）在scala.collection.mutable.ArrayOps.foreach（ArrayOps.scala：38）at scala.collection.TraversableLike $ class.map（TraversableLike.scala：233）在scala.collection.mutable.ArrayOps.map（ArrayOps.scala：38）at org.nlogo.generator.Generator $ InstructionGenerator.generateOldStyleCall（Generator.scala：208）在 org.nlogo.generator.Generator $ InstructionGenerator.generateInstruction（Generator.scala：146）在 org.nlogo.generator.Generator $ InstructionGenerator $$ anonfun $ generateInstruction $ 1.适用$ mcVI $ SP（Generator.scala：167） at scala.collection.immutable.Range.foreach $ mVc $ sp（Range.scala：78）在 org.nlogo.generator.Generator $ InstructionGenerator.generateInstruction（Generator.scala：159）在 org.nlogo.generator.Generator $ InstructionGenerator $$ anonfun $ generateInstruction $ 1.适用$ mcVI $ SP（Generator.scala：167） at scala.collection.immutable.Range.foreach $ mVc $ sp（Range.scala：78）在 org.nlogo.generator.Generator $ InstructionGenerator.generateInstruction（Generator.scala：159）在 org.nlogo.generator.Generator $ InstructionGenerator $$ anonfun $ generateInstruction $ 1.适用$ mcVI $ SP（Generator.scala：167）在scala.collection.immutable.Range.foreach $ mVc $ sp（Range.scala：81）在 org.nlogo.generator.Generator $ InstructionGenerator.generateInstruction（Generator.scala：159）在 org.nlogo.generator.Generator $ InstructionGenerator $$ anonfun $ generateInstruction $ 1.适用$ mcVI $ SP（Generator.scala：167） at scala.collection.immutable.Range.foreach $ mVc $ sp（Range.scala：78）在 org.nlogo.generator.Generator $ InstructionGenerator.generateInstruction（Generator.scala：159）在 org.nlogo.generator.Generator $ InstructionGenerator.generateBodyMethod（Generator.scala：115）在 org.nlogo.generator.Generator $ InstructionGenerator.generate（Generator.scala：90）在 org.nlogo.generator.Generator.org $ $ nlogo发电机$ $$发电机递归（Generator.scala：28）

Answer 1

错误消息是指PermGen，因此这意味着问题不是堆的总大小，而是具体的PermGen上限。您需要使用更高的PermGen设置启动Java，例如-XX:MaxPermSize=512m。您的netlogo-headless.sh文件中可能已存在此类设置;如果是这样，增加它。如果那里没有这样的设置，请添加一个。

我大约98％确定这与NetLogo 5.1和5.2之间的任何差异无关。对于你现在用5.2做什么以及你用5.1做什么（可能是threads=设置的大小），你可能还有其他的不同。

以下是NetLogo 5.2的默认netlogo.sh和netlogo-headless.sh文件的工作链接：https://github.com/NetLogo/NetLogo/blob/5.2.0/dist/netlogo.sh，https://github.com/NetLogo/NetLogo/blob/5.2.0/dist/netlogo-headless.sh

运行64位JVM与解决PermGen问题无关，但对于运行非常大的堆可能是必需的。

NetLogo HPC内存错误

1 个答案: