如何使用networkx导出网络和graphml中的属性？

Question

1. 您好我是网络新手，我一直在尝试编写一个代码来获取文件夹中的所有.edges和.nodes文件并生成一个graphml文件，以便我可以在另一个文件中将其可视化软件。但我还需要在节点中添加一些颜色，但是当我尝试它时，我得到了：KeyError 29
2. 我在我的节点数组中运行循环以添加每个节点的颜色。

3. 这是我尝试添加颜色属性的代码部分。所以节点将用4种不同的颜色着色：最佳健身，更差，最佳健康前10％和更差10％。

   for i in range(len(nodes)):
      if nodes[i]==top:
      NetGraph.node[i]['color']='r'
   

4. 希望你能帮助我！干杯

Answer 1

如果您尝试将存储在多个不同.nodes' and。edges'文件中的关系数据“合并”到一个图形中，那么可能是从您遇到的磁盘中读取文件尚未添加到图表中的节点。

总的来说，我觉得需要更多信息才能为这个问题提供更有意义的答案。例如：.node和.edge文件的格式是什么？ top变量中的内容是什么？ （这是表示阈值的列表或单个数字变量吗？）。

然而，根据到目前为止在这个问题中提到的内容，这里有一些指示：

1. 首先尝试构建图形并稍后对其进行着色。如果您已经拥有健身数据，这可能会显得有效，但这将是让您使用一段代码的最简单方法。

2. 确保您的节点ID确实是整数。也就是说，每个节点在图中已知其索引值。例如2,3,5等，而不是“Paris”，“London”，“Berlin”等（即字符串节点ID）。如果是后者，那么for将更好地形成为：for aNode in G.nodes(data = True):。这将返回一个迭代器，其中包含每个节点的ID和一个包含所有现有节点数据的字典。

3. 如果top是单个变量，则将节点的ID与top阈值进行比较是没有意义的。这就像是说22（它是一个节点ID）是否等于89（这是效率的某种表达）然后将红色应用于节点。 如果top是列表，其中包含被视为 top 节点的所有节点，则条件表达式应为：if nodes[i] in top:。

   1. 您似乎跳过了if（？）以下的缩进。对于为条件为True而赋予节点颜色的语句，为了工作，需要在右侧再缩进一组4个空格。

   2. 指定颜色的表达式是正确的。

   3. 请注意，Networkx会尝试将图表中出现的每个节点和边缘属性写入适当的格式。有关此问题的更多信息，请参阅对此问题的回复。因此，一旦您对给定图形（G）的结构感到满意，那么您只需调用networkx.write_graphml(G, 'mygraph.gml')将其保存到磁盘（其中networkx是模块的名称）。 networkx.write_*函数会将图表的完整版本（G）导出为多种不同格式，或者如果数据类型无法正确序列化，则会引发异常。

我希望这会有所帮助。如果稍后会提供更多详细信息，请高兴地提出回复。