Question

我有一个在终端中运行的java程序，它以.txt作为输入，并将.txt写为输出。我想在100个输入文件上运行该程序。如何创建一个能够获取所有输入文件并自动运行它的函数？这是java程序：

java -jar miraligner.jar -freq -sub 1 -trim 3 -add 3 -s hsa -i IsomiR_235G.txt -db ./DB/ -o Miraligner_235G.txt

以下是输入文件的外观，它们仅在_和.txt之间的部分有所不同

IsomiR_94R.txt
IsomiR_100G.txt
...

Answer 1

将它们放在名为inputs的文件中并执行：

$ cat inputs | head -n2 
IsomiR_94R.txt
IsomiR_100G.txt
$ while read -r input; do
    [ -f "$input" ] && java -jar miraligner.jar -freq -sub 1 -trim 3 -add 3 -s hsa -i "$input" -db ./DB/ -o "Miralinger_${input#*_}" 
done < inputs

这将逐行读取文件inputs并在每个输入文件上执行java脚本。请注意，它们可能不包含此选项的换行符。文件也应该用换行符分隔。

Answer 2

作为替代方案，这将直接获取文件名，而无需创建中间文件：

for f in IsomiR_*.txt
do
    java -jar miraligner.jar -freq -sub 1 -trim 3 -add 3 -s hsa -i "$f" -db ./DB/ -o "Miraligner${f#IsomiR}" 
done

即使文件名包含空格，制表符或换行符，也可以使用。

在多个输入文件上运行终端程序

2 个答案: