我遇到了我的一个R脚本的问题。我在Ubuntu上使用R。
该脚本应该在R中打开一个临时文件，删除并重新排列列，然后将其保存为新的临时文件。脚本应该打开的文件（tempfile2.xyz）相当长，数据如下所示：
ATOM / 1 / N / ALA / A / 2 / -14.451 / 3.633 / -3.578 / 1.00 / 41.50 / N
我添加了反斜杠以指示不同的列。
我想取第12,7,8和9列并删除其余部分，所以看起来像这样：
N -14.451 3.633 -3.578
脚本应该用：
x <- read.table("tempfile2.xyz", header=FALSE, fill=TRUE)
y <- x[,c(12,7,8,9)]
write.table(y, file="tempfile3.xyz")
q()
有些文件工作正常，但其他文件却给我错误：
＆＃34;扫描错误（文件，什么，nmax，sep，dec，quote，skip，nlines， na.strings，：第X行没有Y元素＆＃34;。
我尝试使用fill = TRUE选项来解决错误，但后来我丢失了一些数据。
11 C -12.008 -0.738 -0.787
12 C -12.459 -2.061 -0.201
13 -2.810 0.378 0.55
14 -2.372 -0.384 0.55
15 C -10.777 0.534 -2.768
因此原始第12列中的一些数据丢失了，我不明白为什么。
数据最初来自.pdb文件，使用grep从中提取原始数据，然后将其放入临时文件中，然后该脚本将处理该文件。
感谢您的意见。