Question

我确定已经问过这个问题，但是我找不到它，所以我为冗余道歉。

我想使用grep或egrep查找其中包含“P”或“CA”的每一行，并将它们传递给新文件。我可以使用以下方法轻松完成：

egrep ' CA ' all.pdb > CA.pdb

或

egrep ' P ' all.pdb > P.pdb

我是regex的新手，所以我不确定or的语法。

更新输出行的顺序很重要，即我不希望输出对匹配的字符串的行进行排序。以下是一个文件的前8行的示例：

ATOM      1 N    THR U  27     -68.535  88.128 -17.857  1.00  0.00      1H5  N  
ATOM      2 HT1  THR U  27     -69.437  88.216 -17.434  0.00  0.00      1H5  H  
ATOM      3 HT2  THR U  27     -68.270  87.165 -17.902  0.00  0.00      1H5  H  
ATOM      4 HT3  THR U  27     -68.551  88.520 -18.777  0.00  0.00      1H5  H  
ATOM      5 CA   LYS B 122    -116.643  85.931-103.890  1.00  0.00      2H2B C  
ATOM      6 P    THY J   2     -73.656  70.884  -7.805  1.00  0.00      DNA2 P  
ATOM      8 HB   THR U  27     -68.543  88.566 -15.171  0.00  0.00      1H5  H  
ATOM      9 CA   LYS B 122    -116.643  85.931-103.890  1.00  0.00      2H2B C  
ATOM     10 P    THY J   2     -73.656  70.884  -7.805  1.00  0.00      DNA2 P  
ATOM     11 HB   THR U  27     -68.543  88.566 -15.171  0.00  0.00      1H5  H  
ATOM     12 C    SER D   2     -73.656  70.884  -7.805  1.00  0.00      DNA2 C  
ATOM     13 OP1  SER D   2     -73.656  70.884  -7.805  1.00  0.00      DNA2 O

我希望这个例子的结果文件是：

ATOM      5 CA   LYS B 122    -116.643  85.931-103.890  1.00  0.00      2H2B C  
ATOM      6 P    THY J   2     -73.656  70.884  -7.805  1.00  0.00      DNA2 P  
ATOM      9 CA   LYS B 122    -116.643  85.931-103.890  1.00  0.00      2H2B C  
ATOM     10 P    THY J   2     -73.656  70.884  -7.805  1.00  0.00      DNA2 P

Answer 1

您可以像这样使用grep：

grep ' P \| CA ' file > new_file

|表达式表示＆＃34;或＆＃34;。我们必须逃避它，以告诉grep它具有特殊意义。

您可以避免这种转义，并使用扩展grep：

的爱好者

grep -E ' (P|CA) ' file > new_file

一般来说，我更喜欢awk语法，因为它更清晰，更容易扩展：

awk '/ P / || / CA /' file

或者根据您的示例输入，您可以使用awk检查它是否在第3列中：

$ awk '$3=="CA" || $3=="P"' file
ATOM      5 CA   LYS B 122    -116.643  85.931-103.890  1.00  0.00      2H2B C
ATOM      6 P    THY J   2     -73.656  70.884  -7.805  1.00  0.00      DNA2 P
ATOM      9 CA   LYS B 122    -116.643  85.931-103.890  1.00  0.00      2H2B C
ATOM     10 P    THY J   2     -73.656  70.884  -7.805  1.00  0.00      DNA2 P

测试

$ cat file
hello P is here and CA also
but CA appears
nothing here
P CA
$ grep ' P \| CA ' file
hello P is here and CA also
but CA appears
$ grep -E ' (P|CA) ' file
hello P is here and CA also
but CA appears
$ awk '/ P / || / CA /' file
hello P is here and CA also
but CA appears

Answer 2

下一个命令将搜索目录/path_to_your_dir/中存在的所有文件，并将日志输出到/tmp/grep.log：

grep'P | CA'-Er / path_to_your_dir /＆gt; /tmp/grep.log

如果您需要不区分大小写，请将-Er替换为-Eri。
在文件/tmp/grep.log中，您将看到文件和匹配字符串的路径。
如果您需要搜索具有特定扩展名的文件，请编写如下内容：

grep'P | CA'-Er --include = * .php / path_to_your_dir /＆gt; /tmp/grep.log

希望它会对你有所帮助。

使用grep查找两个字符串中的任何一个而不改变行的顺序？

2 个答案:

测试