使用csplit拆分fasta文件

Question

我需要将一个大的fasta文件拆分成更小的文件。我正在尝试以下命令：

csplit -z input.fasta'/＆gt; /''{*}'

但它产生了大量文件（对于每个“＆gt;”）。有没有办法要求只创建两个较小的文件？

谢谢

Answer 1

根据它manpage csplit在给定模式的每次出现时拆分文件 - 因此它为每个序列生成一个文件。

如果您想按文件大小拆分文件而忽略它的内容，您可以查看split -C - 参数。

然而，您可能无法获得两个有效的fasta文件，因为文件中间的序列块可能会被拆分。