BLAST：blastpgp没有生成输出文件，不确定是否正确使用数据库标志

Question

问题1：

我正在运行以下内容：

blast-2.2.26/bin/blastpgp -i protein.fasta -j 5 -o file -d nr

其中protein.fasta是含有单个蛋白质序列的fasta文件。这不会产生输出，-o文件也是空的。

问题2：

我能够成功使用：

blast-2.2.26/bin/formatdb -i family_of_proteins.fas -o T -s T

创建数据库文件。但是，这会生成多个文件，.phr，.pin，.psd，.psi，.psq。我应该使用-d标志传递哪一个来使用我自己的数据库？

谢谢！

Answer 1

问题2：

您应该使用-d标志传递基本名称，因此在您的示例中，它将是“-d family_of_proteins.fas”