Question

我在生物信息学方面完成了一些研究工作，我使用了Matlab。 Matlab有很多强大的工具，易于使用。我确实考虑过基因组测序和预测代谢途径。我想知道其他人认为最好的是什么？或者可能没有一种特定的语言，只有少数几种能够最好地利用生物信息学的工作，这种工作是数学上的，并处理大量的数据。

Answer 1

您可能会对BioStar的这个主题感兴趣：

Which are the best programming languages to study for a bioinformatician?

对于我们大多数生物信息学家来说，这包括Python，R，Perl和bash命令行实用程序（如sed，awk，cut，sort等）。还有人用Java，Ruby，C ++和Matlab编写代码。

那么底线？无论哪种语言都能让您轻松完成工作，这对您来说是正确的。回答这个问题应该包括仔细调查您可以从中获取的库和其他代码，以及有关您自己的偏好和经验的信息。如果您正在进行微阵列分析，那么很难击败R / bioconductor库，但对于那些争论大多数类型的大型测序数据集的人来说，这绝对是错误的语言。

Answer 2

生物信息学没有合适的语言。

重要的BLAST测序工具是用C ++编写的
用于对齐蛋白质结构的MATT工具用C语言编写
我的一些计算生物学同事使用Ruby。

总的来说，我看到很多C和C ++用于性能关键代码和许多脚本语言。

Answer 3

Python + scipy很不错（而且是免费的）。

http://www.vetta.org/2008/05/scipy-the-embarrassing-way-to-code/

http://www.google.com/search?hl=en&source=hp&q=python+bioinformatics&aq=0&aqi=g9g-m1&aql=&oq=python+bio&gs_rfai=CeE1nPpMNTN2IJZ-yMZX6pcIKAAAAqgQFT9DLSgo

当放弃Matlab for SciPy时，你甚至不需要学习新的语法。

Answer 4

最好与否，SAS是生物圈中的事实上的编程环境。如果您为生物信息学领域的辉瑞，Mercks和拜耳公司工作，您最好拥有SAS技能。 SAS程序员的需求量很大。

Answer 5

什么是“最佳”语言既是主观的又可能因任务而异，但对于生物信息学工作，我个人使用R，Perl，Delphi和C（通常是其中几种的组合）。

Answer 6

我主要使用HMM和蛋白质序列。我开始用C编写，但后来切换到Python，我很高兴。我发现快速原型化更容易，并且更容易维护代码。

Answer 7

这是一篇免费提供的关于该主题的学术论文，评估不同的语言，并在不同的情况下：http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/82

他们将6种常用语言分为3个不同的级别。

2 compiled languages: C, C++
2 semi-compiled languages: C#, Java
2 interpreted languages: Perl, Python

一些一般性结论：

编译语言在全局排列和邻居加入计划中的表现优于解释语言
解释语言通常使用更多内存
除了Python
编译语言需要更多代码行来执行相同的任务
编译语言往往更适合算法实现
解释语言往往更适合文件解析/操作

这是另一篇很好的免费学术文章，讨论如何建立生物信息学技能：http://dx.plos.org/10.1371/journal.pcbi.1000589

您认为生物信息学的最佳语言是什么？

7 个答案: