Question

我想发送一个作业数组，但仍然不了解整个过程（我是新手）。在网站上，我发现了这个：

#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash
#$ -cwd
#$ -V
# The 'myprog' below is serial hence no '-pe' option needed

#$ -t 1-1000
# ...tell SGE that this is an array job, with "tasks" numbered from 1 
#    to 1000...

./myprog < data.$SGE_TASK_ID > results.$SGE_TASK_ID

如果我错了，请纠正我，数据已被SGE系统索引。但是什么是＆＃34;，。myprog＆＃34;手段？是一个不同的bash脚本，有真正的任务吗？它保存在哪里以及作业将如何定位脚本？

Answer 1

通常myprog只是外部程序的通用名称。在这种情况下，我会假设这是完成工作的程序。它可以是一个bash脚本，但它可以用任何语言编写，包括C。

./myprog < data.$SGE_TASK_ID > results.$SGE_TASK_ID

前导./表示在当前目录中找到程序（myprog）。如果愿意，可以用实际目录名替换.。

< data.$SGE_TASK_ID表示“myprog”的输入流（称为stdin或“标准输入”）来自文件而不是键盘。文件名是“数据”一词。后跟变量SGE_TASK_ID的值。前导$为我们提供变量的值。从您显示的代码中不清楚此变量的来源。*

> results.$SGE_TASK_ID类似，除了这是“myprog”的输出流（称为stdout或“标准输出”）转到文件而不是终端屏幕。

编辑：我在这里找到：http://www3.imperial.ac.uk/bioinfsupport/help/cluster_usage/submitting_array_jobs该变量是在环境中设置的。

作业数组脚本

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