Question

我正在使用ggplot2来生成热图，但是NA值会使热图成为一种颜色。

示例数据框：

id<-as.factor(c(1:5))
year<-as.factor(c("Y13", "Y14", "Y15"))
freq<-c(26, 137, 166, 194, 126, 8, 4, 76, 20, 92, 4, NA, 6, 6, 17)
test<-data.frame(id, year, freq)

  test

  id year freq
  1  Y13   26
  2  Y14  137
  3  Y15  166
  4  Y13  194
  5  Y14  126
  1  Y15    8
  2  Y13    4
  3  Y14   76
  4  Y15   20
  5  Y13   92
  1  Y14    4
  2  Y15   NA
  3  Y13    6
  4  Y14    6
  5  Y15   17

我将以下内容用于热图：

# set color palette
jBuPuFun <- colorRampPalette(brewer.pal(n = 9, "RdBu"))
paletteSize <- 256
jBuPuPalette <- jBuPuFun(paletteSize)

# heatmap

ggplot(test, aes(x = year, y = id, fill = freq)) +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1, vjust = 0.5)) +
  geom_tile() +
  scale_fill_gradient2(low = jBuPuPalette[1],
                       mid = jBuPuPalette[paletteSize/2],
                       high = jBuPuPalette[paletteSize],
                       midpoint = (max(test$freq) + min(test$freq)) / 2,
                       name = "Number of Violations")

结果是整个热图上的灰色。

当我从数据框中删除“NA”时，热图会正确呈现。

我通过专门为“NA”值指定颜色来试验这一点（例如，通过

scale_fill_gradient2(low = jBuPuPalette[1],
                       mid = jBuPuPalette[paletteSize/2],
                       high = jBuPuPalette[paletteSize],
                       na.value="yellow",
                       midpoint = (max(test$freq) + min(test$freq)) / 2,
                       name = "Number of Violations")

但是，这只会使整个热图变黄。

我错过了一些明显的东西吗？任何建议都表示赞赏。

感谢。

Answer 1

评论回答：

ggplot处理NAs很好，但如果向量包含任何min，则max和NA的默认值将返回NA。您只需在定义比例的中点时为这些设置na.rm = TRUE：

midpoint = (max(test$freq, na.rm = TRUE ) + min(test$freq, na.rm = TRUE)) / 2,

NA值打破ggplot2热图？

1 个答案: