Question

我正在开发一个需要另一个包OpenMx的命名空间的包。此程序包仅可从其自己的存储库中获取，但在Additional_repositories字段中指定此存储库不起作用。在尝试构建没有安装OpenMx的软件包时，我得到：

错误：依赖＆＃39; OpenMx＆＃39;不适用于等等等等。

我的描述有问题，还是我需要做的其他事情？

我的描述文件的相关部分：

Depends: R (>= 3.0.0)
Imports:  MASS, OpenMx (>= 2.0)
Additional_repositories: http://openmx.psyc.virginia.edu/OpenMx2/
LazyData: Yes
VignetteBuilder: knitr
Suggests: knitr

从构建尝试中记录：

Thu Apr  2 18:08:10 2015: Building tarball for package ctsem (SVN revision 5)
using R version 3.1.3 Patched (2015-03-16 r67994) ...

* checking for file ‘ctsem/DESCRIPTION’ ... OK
* preparing ‘ctsem’:
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* installing the package to build vignettes
      -----------------------------------
* installing *source* package ‘ctsem’ ...
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** preparing package for lazy loading
Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : 
  there is no package called ‘OpenMx’
ERROR: lazy loading failed for package ‘ctsem’
* removing ‘/tmp/RtmpAHPlFq/Rinst5272759a2048/ctsem’
      -----------------------------------
ERROR: package installation failed
Run time: 1.09 seconds.

Answer 1

AFAIK Additional_repositories仍然是一个自由格式字段，不会自动添加到由options("repos")咨询的download.packages()，因此install.packages()或update.packages()。

对于在CRAN之外添加 repos 的问题，我编写了一个小帮助程序包drat，其中包括一些人（包括我自己）用于在GitHub上托管回购（＃＆＃ 34;默认＆＃34;模式，因为它很容易通过gh-pages）或任何其他http访问服务器 - 即公司或工作组内的本地服务器。 Drat并没有什么特别困难的，但是对于添加用户存储库的默认情况，比如openmx，您只需要drat::addRepo("openmx")，其余部分是从默认值推断出来的（假定为drat帐户openmx中的repo存在）。

我部署了两个用例：通过GitHub上的repos更新的包和一个工作本地仓库。

编辑：但是WRE说

＆＃39; Addiitonal存储库＆＃39; field是逗号分隔的列表存储库URL，其他字段中指定的包可能是找到。它目前被＆＃39; R CMD检查＆＃39;检查一下可以找到包，至少作为源包（可以是安装在任何平台上。）

这意味着它看起来像那里。奇。并且回购在给定的URL看起来是合法的。

编辑2：我在上面的引文中输入了一个补丁给R Core。

Answer 2

请参阅：http://thecoatlessprofessor.com/programming/r-data-packages-in-external-data-repositories-using-the-additional_repositories-field/

具体来说，请注意您可以指定：

if (!requireNamespace("namepackage", quietly = TRUE)) {
  install.packages("namepackage", repos = "http://location-of.com/repo")
}

要在程序包加载时自动添加repo，请使用：

.onLoad <- function(libname) {
  repos = getOption("repos")
  repos["<NAME_REPO>"] = "http://location-of.com/repo"
  options(repos = repos)
  invisible(repos)
}

这样就无需在repos = ...中设置install.packages()。

Answer 3

因此，似乎Additional_repositories字段仅用于检查是否存在任何建议的包，但它们实际上并未加载，因此如果任何示例或插图使用这些包，则构建过程将中断。我现在已经解决了这个问题，方法是将示例设置为不运行并包含预先构建的插图。

未从Additional_repositories安装R包依赖项

3 个答案: