我们终于开始将GitHub用于我们的Web开发工作流程。我知道，欢迎来到19世纪，对吗？
我们正在尝试设置现有的项目，但是我遇到了一些我不知道如何处理的文件夹结构问题。
在我们的本地开发机器上，我们创建了一个名为website-A.com的文件夹。在该文件夹中是制作网站的所有文件 - 它是根目录。
在我们的生产服务器上，根位于/var/blah/sites/website-A.com/html /
在GitHub上，我们的存储库名为website-A.com
我在/var/blah/sites/website-A.com/html/上运行了git init，这是我们生产服务器上的根文件夹。
当在服务器上的/ html（root）文件夹中执行git clone git@github.com:myaccount/website-A.com.git时，git会在根目录中放置一个“website-A.com”文件夹。
我的问题是，如何在生产服务器上使用我的主分支与GitHub同步而不使用我的git命令在生产服务器上的/ html文件夹中创建一个名为“website-A.com”的新目录？
我们是否需要更改本地计算机上的文件夹结构？有没有一种简单的方法可以在GitHub上创建这个html文件夹，还是我们需要重做一切？
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这是一个概念问题，而不是Git问题。
你在这里重复两件事 - 源控制和你的部署方案。
您的源代码管理布局应该是部署方案的独立;您可以在部署时将文件放置到不同的位置，或者在开发过程中突然出现的文件通常不会出现在部署中（想想动态填充的图像，生成的PDF等）。
项目布局应符合您习惯的工作方式。这种风格根本不重要，应该在开发人员机器上完成，不是主服务器。那个特定的布局是你想要推送给GitHub的。是的，此特定布局必须对所有开发人员都是同质的，否则会发生冲突（和/或痛苦）。
当需要部署到主服务器时，您可能希望从远程服务器上游获取更改，然后制定出最适合您需求的打包和部署方案。如果它基于JavaScript + HTML，那么构建系统（如Gulp）可以帮助您克服构建必要工件的障碍，并可能将它们移动到您需要部署它们的位置。