Question

我有两个与gnu并行的问题。首先是最有趣的：

我有一个文件，其中一行包含两个以空格分隔的参数。这些参数应该以命令可以将它们识别为单独的方式一起传递给命令。

即

/path/to/A1 /path/to/A2  
/path/to/B1 /path/to/B2  
/path/to/C1 /path/to/C2

另外我有第二个变量作为数组。我想并行将上面文件中的所有配对参数与所有数组值组合在一起。

我差不多了，我的代码如下所示。

parallel  -a $tmpdir/inputfiles.txt $instaldir/ribotagger.pl  \
                    -in {1}         \
                    -region {2}     \
                    -out $exitdir/$folder/ribotag.{2} \
                    ::: ${regions[@]}

然而，在这种情况下，并行将{1}解释为

/path/to/A1 /path/to/A2

但是作为

/path/to/A1\ /path/to/A2

因此，ribotagger脚本将其解释为一个长参数，导致立即停止。

第二个问题，我想让并行创建的脚本的每个实例都有不同的文件夹参数。我想到了像

这样的东西

-out $exitdir/$(echo {1} | cut -d "/" -f 4)/ribotag.{2}

然而，因为看起来{1}在$（东西）中无法识别该脚本需要输出输出参数。

Answer 1

我认为你需要这个：

parallel --colsep ' ' -a inputfiles.txt echo 1={1} 2={2} 3={3} ::: france germany | cat -vet
1=/path/to/C1 2=/path/to/C2 3=france$
1=/path/to/C1 2=/path/to/C2 3=germany$
1=/path/to/B1 2=/path/to/B2 3=germany$
1=/path/to/B1 2=/path/to/B2 3=france$
1=/path/to/A1 2=/path/to/A2 3=germany$
1=/path/to/A1 2=/path/to/A2 3=france$

对于输出文件，您可以使用{#}（作业号码）来制定您喜欢的内容。

gnu parallel：空间解释和过程变量编辑

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