Question

我是Linux的新手，最近开始使用我们的大学超级计算机，我需要在我自己的分配空间安装我的程序（GAMESS Quantum Chemistry Software）。我在“插座”下成功安装并运行了它。但实际上我需要在＆＃39; mpi＆＃39; （否则使用超级计算机的好处不大。）

系统设置：

操作系统：Linux64，Redhat，intel
MPI：impi
编译器：ifort
modules：slurm，intel / intel-15.0.1，intel / impi-15.0.1

该软件运行＆＃39; rungms＆＃39;并接收参数：

rungms [fileName] [版本] [CPU数量] （例如：./rungms Opt 00 4）

这是我的bash文件（我的感觉是这是我问题的罪魁祸首！）：

#!/bin/bash

#Based off of Monte's Original Script for Torque:
#https://gist.github.com/mlunacek/6306340#file-matlab_example-pbs

#These are SBATCH directives specifying name of file, queue, the
#Quality of Service, wall time, Node Count, #of CPUS, and the
#destination output file (which appends node hostname and JobID)

#SBATCH -J OptMPI
#SBATCH --qos janus-debug
#SBATCH -t 00-00:10:00
#SBATCH -N2
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH -o output-OptMPI-%N-JobID-%j

#NOTE: This Module Will Be Replaced With Slurm Specific:
module load intel/impi-15.0.1

mpirun /projects/augenda/gamess/rungms Opt 00 2 > OptMPI.out

正如我之前所说，程序是为mpi编译的（而不是＆＃39;套接字＆＃39;）。

我的问题是当我运行 sbatch Opt.sh 时，我收到此错误：

srun：错误：来自任务1的PMK_KVS_Barrier重复请求
当我更改-N号时，有时我收到错误说（4！= 2 ）即可。
奇数的-N我收到错误，说它期望偶数个进程。

我错过了什么？

Here is the code from our super-computer website as a bash file example

Answer 1

Slurm Workload Manager有几种调用英特尔MPI流程的方法。可能，您需要做的只是使用mpirun而不是<a class="genericbtn" title="New" href="javascript:doSubmit('add')">New</a>。如果仍然存在错误，请参阅here以了解调用英特尔MPI作业的其他方法;它取决于HPC管理员如何配置系统。

如何运行MPI任务？

1 个答案: