Question

我使用make来编写生物数据分析管道。我有一个问题，我无法合并相关文件。例如，假设我有四个文件（尽管文件总数和相关文件可能更多）：A_1.fastq A_2.fastq B_1.fastq B_2.fastq。当管道并行运行时，我希望每个文件都通过除最后一个之外的配方，我想要合并相关文件，例如： A.merged.bam B.merged.bam。我不确定如何在make中编写这样的规则？

示例makefile

# chip-seq.mk

originalFiles = A_1.fastq A_2.fastq B_1.fastq B_2.fastq
mergedFiles = A.merged.bam B.merged.bam

all: $(mergedFiles)           

%.merged.bam: %_*.sorted.bam
    # merge bam files
    samtools merge $@ $^

%.sorted.bam: %.bam
    # sort bam
    samtools sort $^ $*.sorted

%.bam: %.sam
    # convert sam to bam
    samtools view -bS $^ > $@

%.sam: %.fastq
    # align reads
    bowtie2 -x genome -U $^ -S $@

Answer 1

你不能用纯粹的模式做到这一点。如何使%_*.sorted.bam之类的通配符匹配磁盘上的文件？

但是，您可以使用明确的先决条件列表来执行此操作，但仍使用规则的模式：

# convert originalFiles into a sorted.bam filename
# run $(call cvtFiles,A) to get A files, etc.
cvtFiles = $(patsubst %.fastq,%.sorted.bam,$(filter $1_%,$(originalFiles)))

%.merged.bam:
       samtools merge $@ $^

A.merged.bam: $(call cvtFiles,A)
B.merged.bam: $(call cvtFiles,B)

当然，您必须为每个合并文件编写新规则。

您可以使用带eval的循环来代替：

$(foreach P,$(patsubst %.merged.bam,%,$(mergedFiles)),$(eval $P.merged.bam: $(call cvtFiles,$P)))

（未经测试......）

使用模式规则合并makefile中的相关文件

1 个答案: