Question

我正在使用NetworkX制作图形，以便导出以使用Gephi进行可视化。在我尝试添加颜色之前，我一直在向图表中的节点添加各种属性，没有问题。有没有人知道如何使用＆＃34;彩色＆＃34;导出图表？使用networkx的节点？（我已经写入gexf文件，但是如果它是另一种格式，只要它与Gephi兼容就不在乎。）

以下是我制作图表的代码：

def construct_weighted_graph(nodes, distance_dict, weighting_function, color = True):

  G = nx.Graph()
  #nodes automatically added when edges added. 
  for sequence in nodes: #loop through and add size attribute for num of sequences
    G.add_node(sequence)
    G.node[sequence]['size'] = distance_dict[sequence][1] #size represented by the node
    if color:
        G.node[sequence]['color'] = (0,1,0)
  for i_node1 in range(len(nodes)):
    dist_list = distance_dict[nodes[i_node1]][-2] #list of distances
    for i_node2 in range(i_node1+1, len(nodes)):
        G.add_edge(nodes[i_node1], nodes[i_node2], 
                   weight = weighting_function(dist_list[i_node2]))
  return G

这与我的颜色不完全相同，因为不同的节点被分配了不同的颜色，但这是基本的想法。

Answer 1

我遇到了完全相同的问题。在NetworkX中设置着色的常规方法不会导出为GEXF格式。通过阅读NetworkX和GEXF文档的导出代码，我发现了如何正确导出到GEXF，然后导入Gephi。

如果着色遵循与GEXF相同的结构，则NetworkX会导出着色。必须将数据添加到图形内的节点。所以你添加了一个密钥＆＃39; viz＆＃39;代表节点的可视化。你设置了＆＃39; viz＆＃39;到另一个字典，你可以在其中添加一个键颜色＆＃39;反过来又是一个字典，其中包含键的值＆＃39;＆＃39;＆＃39;＆＃39;＆＃39;＆＃39;＆＃39;＆＃39;＆＃39;＆＃39; a＆＃39;。

我做了一个非常简单的例子来演示解决方案：

import networkx as nx
""" Create a graph with three nodes"""
graph = nx.Graph()
graph.add_node('red')
graph.add_node('green')
graph.add_node('blue')
""" Add color data """
graph.node['red']['viz'] = {'color': {'r': 255, 'g': 0, 'b': 0, 'a': 0}}
graph.node['green']['viz'] = {'color': {'r': 0, 'g': 255, 'b': 0, 'a': 0}}
graph.node['blue']['viz'] = {'color': {'r': 0, 'g': 0, 'b': 255, 'a': 0}}
""" Write to GEXF """
# Use 1.2draft so you do not get a deprecated warning in Gelphi
nx.write_gexf(graph, "file.gexf", version="1.2draft")

这会将带有红色，绿色和蓝色节点的图形导出到GEXF。

您必须在尝试将颜色设置为的位置更改示例：

if color:
    G.node[sequence]['viz'] = {'color': {'r': 0, 'g': 1, 'b': 0, 'a': 0}} # line changed
for i_node1 in range(len(nodes)):

Answer 2

networkx转换为GEXF格式（版本1.1draft）对我来说也是错误的。

但这对我有用。我在你需要的部分之前和之后添加了一些额外的代码，因为这意味着（我粗略地重读了我多年前写过的代码，但继续在这个网站上使用：http://djotjog.com/c/wordtree/ - 因为它仍然可以工作）您将节点添加到DiGraph（G）然后必须以不同的方式再次添加它们，以确保RGB color和size格式在gexf文件的<node>标记内编码。

...代码

G.add_nodes_from(nodes) #<--- assigns node names, and also node 'size', used below

for n in G.node:
    n_size = G.node[n]['size']
    G.add_node(n,viz={'color':{'r':"170",'b':"170",'g':"170",'a':"0.7"},'size':n_size})
    #{'position':{'x':x,'y':y}}
G.add_weighted_edges_from(edges)
...
import codecs
f = codecs.open(gexf_filename, "wb", "utf-8") # unicode safe version of file-open
nx.write_gexf(G,f)
f.close()

注意：您可以为'viz'部分添加不仅仅是大小和颜色，但每个节点都必须有一个'viz'字母才能使颜色正常工作。我还在这里指定了alpha“a”作为RGBA格式的一部分，但它似乎没有出现在我的图表中。 networkx剥离了GEXF的那部分。我认为这是一个错误。在stackoverflow的其他地方，我发现了另一个无法控制xml头中命名空间的networkx错误。

该代码产生如下所示的GEXF XML节点：

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?><gexf xmlns:ns0="http://www.gexf.net/1.1draft/viz" version="1.1" xmlns="http://www.gexf.net/1.1draft" xmlns:viz="http://www.gexf.net/1.1draft/viz" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance">
<graph defaultedgetype="directed" mode="static">
<attributes class="node" mode="static">
  <attribute id="0" title="size" type="integer" />
</attributes>
<nodes>
  <node id="0" label="shop">
    <ns0:color b="100" g="100" r="100" />
    <ns0:size value="17" />
    <attvalues>
      <attvalue for="0" value="17" />
    </attvalues>
  </node>

ns0:部分至关重要。在attvalues中放置颜色不会在图表中转换为颜色。

这个版本没有颜色。请注意，节点“大小”必须以gexf格式定义才能工作，并且必须是整数。

<?xml version='1.0' encoding='utf-8'?>
<gexf version="1.1" xmlns="http://www.gexf.net/1.1draft" xmlns:viz="http://www.gexf.net/1.1draft/viz" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance">

<attributes class="node" mode="static">
  <attribute id="0" title="category" type="string" />
  <attribute id="1" title="color" type="string" />
  <attribute id="2" title="size" type="integer" />
</attributes>
<node id="CarterCenter" label="CarterCenter">
    <attvalues>
      <attvalue for="0" value="open data" />
      <attvalue for="1" value="blue" />
      <attvalue for="2" value="0" />
    </attvalues>
</node>

以下是用于调试目的的两个有用文件示例：

http://djotjog.com/s/gexf-web2/data/ocp_network.gexf 与 http://djotjog.com/s/gexf-web2/data/ocp_network_test.gexf

你可以在这里看到他们在线渲染： http://djotjog.com/s/gexf-web2?file=data/ocp_network.gexf（带颜色）和 http://djotjog.com/s/gexf-web2?file=data/ocp_network_test.gexf（相同的图表，没有颜色，但有alpha工作。

在NetworkX上向节点添加颜色属性以导出到Gephi

2 个答案: