Question

String = n76a+q80a+l83a+i153a+l203f+r207a+s211a+s215w+f216a+e283l

我希望脚本一次看一对，意思是：

评估n76a + q80a。如果abs（76-80）＆lt; 10，然后用'_'替换'+'：否则不要改变任何东西。然后再评估q80a + l83a并做同样的事情。

所需的输出应为：

n76a_q80a_l83a+i153a+l203f_r207a_s211a_s215w_f216a+e283l

我尝试的是，

def aa_dist(x):
if abs(int(x[1:3]) - int(x[6:8])) < 10:
    print re.sub(r'\+', '_', x)

with open(input_file, 'r') as alex:
    oligos_list = alex.read()
    aa_dist(oligos_list)

这就是我到目前为止所做的。我知道我的代码只会将所有'+'替换为'_'，因为它只评估第一对并替换所有。我该怎么做？

Answer 1

import itertools,re

my_string =  "n76a+q80a+l83a+i153a+l203f+r207a+s211a+s215w+f216a+e283l"
#first extract the numbers    
my_numbers = map(int,re.findall("[0-9]+",my_string))
#split the string on + (useless comment)
parts = my_string.split("+")

def get_filler((a,b)):
    '''this method decides on the joiner'''
    return "_" if abs(a-b) < 10 else '+'

fillers = map(get_filler,zip(my_numbers,my_numbers[1:])) #figure out what fillers we need
print "".join(itertools.chain.from_iterable(zip(parts,fillers)))+parts[-1] #it will always skip the last part so gotta add it

是你实现这一目标的一种方式......也是一个无价值评论的例子

Answer 2

仅通过re模块。

>>> s = 'n76a+q80a+l83a+i153a+l203f+r207a+s211a+s215w+f216a+e283l'
>>> m = re.findall(r'(?=\b([^+]+\+[^+]+))', s)               # This regex would helps to do a overlapping match. See the  demo (https://regex101.com/r/jO6zT2/13)
>>> m
['n76a+q80a', 'q80a+l83a', 'l83a+i153a', 'i153a+l203f', 'l203f+r207a', 'r207a+s211a', 's211a+s215w', 's215w+f216a', 'f216a+e283l']
>>> l = []
>>> for i in m:
        if abs(int(re.search(r'^\D*(\d+)', i).group(1)) -    int(re.search(r'^\D*\d+\D*(\d+)', i).group(1))) < 10:
            l.append(i.replace('+', '_'))
        else:
            l.append(i)
>>> re.sub(r'([a-z0-9]+)\1', r'\1',''.join(l))
'n76a_q80a_l83a+i153a+l203f_r207a_s211a_s215w_f216a+e283l'

通过定义单独的函数。

import re
def aa_dist(x):
    l = []
    m = re.findall(r'(?=\b([^+]+\+[^+]+))', x)
    for i in m:
        if abs(int(re.search(r'^\D*(\d+)', i).group(1)) - int(re.search(r'^\D*\d+\D*(\d+)', i).group(1))) < 10:
            l.append(i.replace('+', '_'))
        else:
            l.append(i)
    return re.sub(r'([a-z0-9]+)\1', r'\1',''.join(l))

string = 'n76a+q80a+l83a+i153a+l203f+r207a+s211a+s215w+f216a+e283l'
print  aa_dist(string)

<强>输出：

n76a_q80a_l83a+i153a+l203f_r207a_s211a_s215w_f216a+e283l

Python在条件/函数上查找和替换

2 个答案: