我正在深入研究R-Markdown作为进行可重复研究的方法。我使用knitr和pandoc成功地将我的Rmd文件处理为HTML和MS Word(包括通过pander传递文本和图像以进行幻想)。 HTML非常简单,Word做得足够合理(在提交稿件之前我必须做一些额外的格式化)。
现在,我正在尝试转换为PDF。我已经将yaml标头定制为如下所示:
bibliography: citations.bib
output:
pdf_document:
fig_caption: yes
fig_crop: no
fig_height: 3
fig_width: 4.5
keep_tex: yes
latex_engine: xelatex
number_sections: yes
word_document:
fig_caption: yes
documentclass: article
csl: vancouver.csl
我有一段时间有一种非常奇怪的效果。表格在文本中设置正确,没问题。然而,图表(无论是ggplot2还是格子都无关紧要)正在大量排版。我已经包含了一个screencap来向您展示文本正在发生的事情。图像位于该页面的顶部,就像转换为PDF一样,将图像视为一行或两行文本,并不考虑它占用的实际垂直空间。正如您将看到的那样,页码正确放置在页面上,但文本只是一直保持运行并且一无所获。它不在下一页,它已经消失了。
之前有人见过这样的事吗?我在做什么蠢事?
以下是使用此现象创建图像的代码块示例。
```{r echo=FALSE, fig.cap="This graph is going to be AWESOME."}
xyplot(x ~ y | z, myData, pch=19, type = c('p', 'r'), xlab="x-vals", ylab="y-vals", as.table=TRUE)
```
上面显示问题的screencap。中间的行是R PDF查看器中的页面分隔符。