Question

我试图从bash访问R {'{3}}。安装指南最初让我相信$ R_HOME是在bash中声明的。但是，这似乎并不准确。

有没有办法从bash访问这些环境变量？

之前的问题已经询问如何使用Sys.getenv（）或Sys.setenv（）从R中访问这些变量。这个问题的重点是能够通过bash访问信息。简单地调用echo $R_HOME不会在bash变量中产生适当的路径。

例如，我可以使用复杂的方法获取信息：

R_HOME=$(Rscript -e "Sys.getenv('R_HOME')" | grep -Po '".*?"' | sed 's/"//g')

所以我会收到： [1]＆＃34; / usr / lib64 / R＆＃34;

Grep然后给出：＆＃34;在/ usr / lib64下/ R＆＃34;

最后sed：的/ usr / lib64下/ R

我真的更喜欢用一种方法让我访问所有环境变量，而不必经历这个过程。

environmental variables中列出了一些环境变量的定义。但是，bash中没有一个可用。

Answer 1

如果未在bash中设置，但您需要使用它，为什么不这样做：

R_HOME=`Rscript --silent -e 'writeLines(Sys.getenv("R_HOME"))'`
echo $R_HOME
/Library/Frameworks/R.framework/Resources

（显然，我在OS X上）

您可以这样获得所有R_变量：

Rscript -e 'for (x in grep("^R_", names(Sys.getenv()), value=TRUE)) writeLines(sprintf("%s=%s", x, Sys.getenv(x)))'

然后获取bash脚本的输出。

Answer 2

不，这些变量都不会在bash中提供 - 除非你自己设置它们。

您可能对?Startup感兴趣，这解释了R如何设置环境变量的过程：

除非在命令行上给出了--no-environ，否则R搜索要处理的站点和用户文件以设置环境变量。站点文件的名称是环境变量R_ENVIRON指向的名称;如果未设置，则使用“R_HOME / etc / Renviron.site”（如果存在，则不在'factory-fresh'安装中）。用户文件的名称可以由R_ENVIRON_USER环境变量指定;如果未设置，则在当前或用户的主目录中（按此顺序）搜索的文件为“.Renviron”。

请注意，您可以运行两个脚本，这些脚本具有不同的Renviron文件，因此具有不同的环境变量。我不确定你要做什么，但值得注意的是，给定变量可能没有一个真正的价值。

那就是说，你可以读取默认的Renviron并自己设置所有变量：

$ R_HOME=`R RHOME`
$ source $R_HOME/etc/Renviron
$ echo $R_PAPERSIZE
a4

Answer 3

这可能比之前的两个答案更容易提出：

由于RHOME非常重要，请R RHOME：

edd@don:~$ R RHOME
/usr/lib/R
edd@don:~$ val=$(R RHOME)
edd@don:~$ echo ${val}
/usr/lib/R
edd@don:~$

基本上所有其他人都可以通过R CMD config ...

获取

edd@don:~$ R CMD config --help | head -20
Usage: R CMD config [options] [VAR]

Get the value of a basic R configure variable VAR which must be among
those listed in the 'Variables' section below, or the header and
library flags necessary for linking against R.

Options:
  -h, --help            print short help message and exit
  -v, --version         print version info and exit
      --cppflags        print pre-processor flags required to compile
            a C/C++ file using R as a library
      --ldflags         print linker flags needed for linking a front-end
                        against the R library
      --no-user-files  ignore customization files under ~/.R
      --no-site-files  ignore site customization files under R_HOME/etc

Variables:
  BLAS_LIBS     flags needed for linking against external BLAS libraries
  CC            C compiler command
  CFLAGS        C compiler flags
edd@don:~$

最后，对于运行R会话，您可以启动并访问它：

edd@don:~$ Rscript -e 'cat(Sys.getenv("PATH"))'     # manual break
/home/edd/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:\
/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/gamesedd@don:~$

从Bash访问R的环境变量

3 个答案: