使用glmer.nb时,我们只收到错误消息
> glm1 <- glmer.nb(Jul ~ scale(I7)+ Maylg+(1|Year), data=bph.df)
错误:(maxstephalfit)PIRLS步骤减半未能减少pwrssUpdate中的偏差 另外:警告信息: 在theta.ml(Y,mu,sum(w),w,limit = control $ maxit,trace = control $ trace&gt ;: 达到迭代限制
谁能帮帮我?非常感谢!
我的数据列在下面。
Year Jul A7 Maylg L7b
331 1978 1948 6 1.322219 4
343 1979 8140 32 2.678518 2
355 1980 106896 26 2.267172 2
367 1981 36227 25 4.028205 2
379 1982 19085 18 2.752816 2
391 1983 26010 32 2.086360 3
403 1984 1959 1 2.506505 4
415 1985 8025 18 2.656098 0
427 1986 9780 20 1.939519 0
439 1987 48235 29 4.093912 1
451 1988 7473 30 2.974972 2
463 1989 2850 25 2.107210 2
475 1990 10555 18 2.557507 3
487 1991 70217 30 4.843563 0
499 1992 2350 31 1.886491 2
511 1993 3363 32 2.956649 4
523 1994 5140 37 1.934498 4
535 1995 14210 36 2.492760 1
547 1996 3644 27 1.886491 1
559 1997 9828 29 1.653213 1
571 1998 3119 41 2.535294 4
583 1999 5382 10 2.472756 3
595 2000 690 5 1.886491 2
607 2001 871 13 NA 2
619 2002 12394 27 0.845098 5
631 2003 4473 36 1.342423 2
答案 0 :(得分:2)
除了其他因素之外,你会对这个数据集产生很多问题,因为你有一个观察级别的随机效果(每Year
只有一个数据点)和< / em>正试图拟合负二项模型。这实际上意味着你试图同时以两种不同的方式适应过度离散。
如果您拟合泊松模型,您可以看到结果强烈欠分散(对于泊松模型,残差偏差应大致等于剩余自由度)。
library("lme4")
glm0 <- glmer(Jul ~ scale(A7)+ Maylg+(1|Year), data=bph.df,
family="poisson")
print(glm0)
Generalized linear mixed model fit by maximum likelihood (Laplace
Approximation) [glmerMod]
Family: poisson ( log )
Formula: Jul ~ scale(A7) + Maylg + (1 | Year)
Data: bph.df
AIC BIC logLik deviance df.resid
526.4904 531.3659 -259.2452 518.4904 21
Random effects:
Groups Name Std.Dev.
Year (Intercept) 0.9555
Number of obs: 25, groups: Year, 25
Fixed Effects:
(Intercept) scale(A7) Maylg
7.3471 0.3363 0.6732
deviance(glm0)/df.residual(glm0)
## [1] 0.0003479596
或者:
library("aods3")
gof(glm0)
## D = 0.0073, df = 21, P(>D) = 1
## X2 = 0.0073, df = 21, P(>X2) = 1
glmmADMB
确实设法适应它,但我不知道我对结果的信任程度(分散参数非常大,表明该模型基本上已经收敛到Poisson分布)。 / p>
bph.df <- na.omit(transform(bph.df,Year=factor(Year)))
glmmadmb(Jul ~ scale(A7)+ Maylg+(1|Year), data=bph.df,
family="nbinom")
GLMM's in R powered by AD Model Builder:
Family: nbinom
alpha = 403.43
link = log
Fixed effects:
Log-likelihood: -259.25
AIC: 528.5
Formula: Jul ~ scale(A7) + Maylg + (1 | Year)
(Intercept) scale(A7) Maylg
7.3628472 0.3348105 0.6731953
Random effects:
Structure: Diagonal matrix
Group=Year
Variance StdDev
(Intercept) 0.9105 0.9542
Number of observations: total=25, Year=25
结果与上面lme4
的泊松模型基本相同。