Question

我必须读取文件夹列表中的文件并将数据保存在R中。我使用以下代码来测试我的测试数据。当我将代码用于实际数据时我收到这个错误错误：OutOfMemoryError（Java）：超出GC开销限制来自：顶级

这是我为测试数据所做的工作

parent.folder <- "C:/Users/sandesh/Desktop/test_R"
sub.folder <- list.dirs(parent.folder, recursive =TRUE)[-1]
file <- file.path(sub.folder, "sandesh1.xlsx")
library(xlsx)
library(plyr)
fun <- function(file) {
  df <- read.xlsx(file, sheetIndex=1)
}
df.big <- ldply(file, fun)

Answer 1

这是rJava中的典型问题。它在XLConnect文档中得到了解答，该文档也使用rJava以与xlsx库相同的方式连接到excel。我引自here：

“这是因为XLConnect（xlsx相同）需要按顺序将整个数据对象复制到JVM 将其写入文件并且必须使用其内存大小的固定上限初始化JVM。改变这个数量，您可以将参数传递给R的JVM，就像您可以通过命令行Java进程一样 rJava的选项支持：

options(java.parameters = "- Xmx1024m")

但是，请注意，在初始化JVM时，每个R会话只会精确评估一次这些参数 - 这通常是在您加载第一个使用Java支持的包之后，所以您应该尽早这样做可能的“。

如上所述，在加载任何库之前运行脚本开头的选项功能，如果您通过Rstudio运行它，请确保在运行脚本之前重新启动它。

此外，请注意，根据您尝试解析的文件大小，即使这样也无法确定。

如何修复OutOfMemoryError（Java）：r中超出了GC开销限制？

1 个答案: