使用rpy2进行生存分析时出错

Question

我试图在ipython中使用r与rpy2进行生存分析。

以下配方失败：

%Rpush df
surv_fit = surv.coxph("Surv(start, end, status) ~ x", data=df)
> RRuntimeError: Error: $ operator is invalid for atomic vectors

但是，如果我使用r magic完成所有操作，那就可以了：

%Rpush df
%R surv.fit <- coxph(Surv(start, end, status) ~ x, data=df)

Surv对象是否存在问题？

Answer 1

这是因为%Rpush正在将变量推送到R。

你的第一个例子必须是： surv_fit = rpy2.robjects.r(""" surv.coxph(Surv(start, end, status) ~ x, data=df) """)