在Scipy分层聚类中修剪树形图

Question

我有很多数据点使用Scipy分层聚类以下列方式聚类。假设我想在'1500'水平修剪树形图？怎么做？ （我尝试使用'p'参数，这不是我所期待的）

Z = dendrogram(linkage_matrix,
           truncate_mode='lastp',
           color_threshold=1,
           labels=df.session.tolist(),
           distance_sort='ascending')


plt.title("Hierachical Clustering")
plt.show()

Answer 1

如the scipy documentation中所述，如果群集节点位于color_threshold下，则其所有后代将是相同的颜色（不是蓝色）。连接color_threshold上方节点的链接将为蓝色。

在您的示例中，color_threshold=1。由于所有节点均高于1，因此所有链接均为蓝色。

尝试改为

Z = dendrogram(linkage_matrix,
       color_threshold=1500,
       distance_sort='ascending')