Question

我已经创建了一系列关于酶序列的系统发育树。我有一个简单的格式，只显示分数，没有着色。现在我的序列是限制酶，每个都有motif。我想给具有相似motifs的酶分支着色。我昨天花了很多时间看着可以帮助我做到这一点的不同软件但最终感到困惑。 我想知道一个很好的工具，可以采用newick格式的树或接收alignment信息。并允许我根据相似的图案赋予颜色。

我遇到了这个工具：http://etetoolkit.org/，但它需要大量的依赖库，这些依赖库依赖于很少或没有安装错误的文档。

我使用Phylo库中的BioPython类来开发树。我使用以下命令生成包含以下分数的树：

Phylo.draw(tree,branch_labels=lambda c: c.branch_length)

Answer 1

FigTree（http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/）是一个系统发育树查看器，允许自定义着色。

我不清楚你怎么知道哪种酶有哪种主题。如果没有内置该信息，您可能需要在构建树之前注释每个序列，以便您可以在FigTree中搜索并按标签着色。

（请注意，如果您只想显示酶名称，没有基序，您仍然可以采用这种方法，然后手动编辑.nwk文件，留下颜色信息但删除注释。）

Answer 2

在BioPython中，为树枝着色的一种简单方法是设置进化枝属性color。例如，如果我想将所有名称在列表L中的叶子都染成红色，我可以写类似

for clade in tree.get_terminals():
    if clade.name in L:
        clade.color = 'red'

然后使用Phylo.draw

绘制这棵树

系统发育树着色

2 个答案: