Question

我试图使用for循环和substr函数计算碱基数，但计数已关闭，我不知道为什么！请帮忙！我必须在我的任务中使用这些功能。我哪里错了？这是我的代码：

use strict;
use warnings;

my $user_input = "accgtutf5";

#initalizing the lengths
my $a_base_total = 0;
my $c_base_total = 0;
my $g_base_total = 0;
my $t_base_total = 0;
my $other_total  = 0;

for ( my $position = 0; $position < length $user_input; $position++ ) {
    my $nucleotide = substr( $user_input, $position, 1 );
    if ( $nucleotide eq "a" ) {
        $a_base_total++;
    } elsif ( $nucleotide eq "c" ) {
        $c_base_total++;
    } elsif ( $nucleotide eq "g" ) {
        $g_base_total++;
    } elsif ( $nucleotide eq "t" ) {
        $t_base_total++;
    } else {
        $other_total++;
    }
    $position++;
}

print "a = $a_base_total\n";
print "c = $c_base_total\n";
print "g = $g_base_total\n";
print "t = $t_base_total\n";
print "other = $other_total\n";

我得到的输出是：

a=1
c=1
g=0
t=2
other=1

应该是：

a = 1
c = 2
g = 1
t = 2
other = 3

提前致谢！：）

Answer 1

您正在两次增加$ position：一次在for，一次在循环结束时。删除第二个$position++。

Answer 2

你递增了两次。

只需删除此行：

$position++;

此外，我建议迭代字符，而不是迭代位置。

您的脚本可以简化为：

use strict;
use warnings;

my $user_input = "accgtutf5";

my %count;

for my $nucleotide (split '', $user_input) {
    $nucleotide = 'other' unless $nucleotide =~ /[acgt]/;
    $count{$nucleotide}++;
}

printf "%s = %d\n", $_, $count{$_} // 0 for qw(a c g t other);

使用perl中的for循环和substr计算碱基的频率

2 个答案: