Question

我想知道是否可以使用perl数组作为名为bedtools（http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/）的程序的输入

数组本身是由bedtools通过perl中的反引号方法生成的。当我尝试在另一个bedtools bash命令中使用perl数组时，它会抱怨参数列表太长，因为它似乎将数组中的每个单词或数字视为一个单独的参数。

示例代码：

my @constit_super  = `bedtools intersect -wa -a $enhancers -b $super_enhancer`;

工作正常，可以通过以下方式查看：

print @constit_super

在屏幕上看起来像这样：

chr10   73629894    73634938
chr10   73636240    73639574
chr10   73639726    73657218

然后如果我再次尝试在bedtools中使用这个数组，例如

my $bedtools = `bedtools merge -i @constit_super`;

然后我收到此错误消息：

Can't exec "/bin/sh": Argument list too long

无论如何在bedtools中使用这个perl数组？

非常感谢

27/9/14感谢您通过文件进行操作的信息。但是，如果可能的话，如果没有编写文件，我真的很想做到这一点。

Answer 1

我还没有对此进行过测试，但我认为它会起作用。

bedtools期待一个带有-i标志的参数，即.bed文件的名称。这是在docs。您需要将数组写入文件，然后将其输入bedtools merge命令。

open(my $fh, '>', "input.bed") or die $!;
print $fh join("", @constit_super);
close $fh;

然后您可以使用docs中的此命令对其进行排序：

`sort -k1,1 -k2,2n input.bed > input.sorted.bed`;

最后，您可以运行合并命令。

my $bedtools = `bedtools merge -i input.sorted.bed`;

希望这能让你走上正轨。