绘制代谢网络？

Question

我需要绘制大肠杆菌核心代谢的图谱。与地图中的每个反应相关联，我有一个数字表示通过该反应的通量。我希望地图通过地图中每个反应的颜色反映这些通量。

我尝试过使用像Mathematica和Cytoscape这样的工具，但很难获得代谢网络的漂亮布局。我看过大肠杆菌新陈代谢的地图，在纸上看起来非常好看。我需要的是这样的地图，但我可以定义反应的颜色。

有一些工具可用，例如，metdraw.com。但是当我上传我的大肠杆菌SBML模型时，情节布局是一场灾难。曾经有一个网络IPython笔记本，可以用于一些预建模型，你只需要输入反应通量。但现在它已经消失了：http://nbviewer.ipython.org/github/opencobra/cobrapy/blob/master/documentation_builder/visbio.ipynb

有关示例，请参见下图。忘掉划分隔间的黄色边界框。我可以放过那些。

Answer 1

对您发布的断链的一些跟踪将我带到了Escher，这似乎是现在所谓的visbio：

https://github.com/zakandrewking/escher

例如见：

https://cobrapy.readthedocs.org/en/latest/escher.html

Escher是Cobrapy的一部分：

http://opencobra.github.io/cobrapy/

用于模拟生物网络的软件套件。