Question

我在OS X 10.9.4上安装了numpy / scipy / scikit-learn，并且我发现numpy.dtype大小已经更改错误，可能表示二进制不兼容＆＃34;。

这是我为构建回购所做的工作：

mkvirtualenv thm
workon thm
pip install numpy scipy pandas ipython # and some other stuff
cd /path/to/our/repo
# run tests

这里是相关警告的追溯摘录（因为我们在测试开始时使用warnings.simplefilter('error')而变成了错误）：

======================================================================
ERROR: Failure: RuntimeWarning (numpy.dtype size changed, may indicate binary in
compatibility)
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/loader.py",
 line 414, in loadTestsFromName
    addr.filename, addr.module)
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/importer.py
", line 47, in importFromPath
    return self.importFromDir(dir_path, fqname)
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/importer.py
", line 94, in importFromDir
    mod = load_module(part_fqname, fh, filename, desc)
  File "/Users/ben/code/thm/alpha/prosper/base/stats/test_auc.py", line 3, in <m
odule>
    import sklearn.metrics
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/sklearn/metrics/
__init__.py", line 6, in <module>
    from .metrics import (accuracy_score,
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/sklearn/metrics/metrics.py", line 27, in <module>
    from scipy.spatial.distance import hamming as sp_hamming
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/scipy/spatial/__init__.py", line 90, in <module>
    from .ckdtree import *
  File "__init__.pxd", line 155, in init scipy.spatial.ckdtree (scipy/spatial/ckdtree.c:20570)
RuntimeWarning: numpy.dtype size changed, may indicate binary incompatibility

我告诉过这个警告是由scipy针对不同版本的numpy编译而不是安装的。但是，我把它们全部用pip安装在我认为非常标准的方式中，所以这不应该是一个问题，我想。

奇怪的是，尽管整个测试套件运行（通过python -m unittest discover）会产生这些错误，但运行单个测试（通过python -m unittest <module>）可以正常工作。

根据测试，这里有一些相关的版本信息：

numpy version 1.9.0 (rev 07601a64cdfeb1c0247bde1294ad6380413cab66)
scipy version 0.14.0 (built against numpy 1.9.0)
sklearn version 0.15.2
pandas version 0.14.1

很高兴根据要求提供更多信息！

Answer 1

你是如何建造sklearn 0.14.1的？你是否用与scipy相同的numpy版本来构建它？

scikit-learn，scipy和numpy的最新版本有prebuilt-packages。特别是scikit-learn 0.15.2应该与numpy 1.7+二进制兼容。我认为scipy 0.14.0也是如此，但你说你是自己从源码构建的，这不是pip默认应该做的事情（它应该只安装预构建的whl包）。

编辑：您尝试过这样做：

pip install -U scipy scikit-learn pandas

确保您使用最新的稳定版本的whl用于这些包？

编辑：以下评论的实际答案有效，大概是为什么这个答案被接受了。即：

pip uninstall -y scipy scikit-learn
pip install --no-binary scipy scikit-learn

Scipy错误：numpy.dtype大小发生了变化，可能表示二进制不兼容（以及相关的奇怪行为）

1 个答案: