Question

我有一个看起来像这样的表：

ID Survival Event Allele
2   5   1   WildType
2   0   1   WildType
3   3   1   WildType
4   38  0   Variant

我想做一个kaplan meier情节，并告诉我野生型或变种是否能够存活更久。

我有这段代码：

library(survival)
Table <-read.table("Table1",header=T)
fit=survfit(Surv(Table$Survival,Table$Event)~Table$Allele)
plot(fit,lty=2:3,col=3:4)

根据拟合值，我可以看出这两组的存活率存在显着差异。

survdiff（公式= Surv（dat $ Death，dat $ Event）~dat $ Allele，rho = 0）
                  N Observed Expected (O-E)^2/E (O-E)^2/V 
dat $ Allele = Variant 5592 3400 3503 3.00 8.63

dat $ Allele = WildType 3232 2056 1953 5.39 8.63

在1自由度上Chisq = 8.6，p = 0.0033

情节看起来如预期（即两条曲线）。

我想要做的就是在图上放置一个图例，以便我可以看到哪些数据由黑线和红线表示，即Wild Type或Variant的存活时间更长。

我尝试过这两个命令：

lab <-gsub("x=","",names(fit$strata))
legend("top",legend=lab,col=3:4,lty=2:3,horiz=FALSE,bty='n')

第一个命令有效（即我没有错误）。第二个命令，我收到此错误：

strwidth错误（图例，单位=“用户”，cex = cex，font = text.font）： plot.new还没有被调用

我试过阅读论坛等，但没有一个答案似乎适合我（例如，在top / topright / topleft等之间进行更改并不重要）。

编辑1：这是我收到此错误的表的示例：

    ID Survival Event Allele
25808   5   1   WTHomo
22196   0   1   Variant
22518   3   1   Variant
25013   38  0   Variant
27354   5   1   Variant
27223   4   1   Variant
22700   5   1   Variant
22390   24  1   Variant
17586   1   1   Variant

究竟发生了什么：当我输入最后一个命令时（图例（“top”，图例=实验室，col = 3：4，lty = 2：3，horiz = FALSE，bty ='n'））， XII窗口打开，除了它完全空白。

但是如果你只输入“plot（fit，lty = 2：3，col = 3：4）”，则会出现XII窗口和图表。

编辑2：此外，此图表将有两行，如何判断哪一行是哪个变量？最简单的方法是输入summary（fit），它给了我两个表。那么，无论表中的变量是哪一个，我都会在传奇中首先放入？

非常感谢 EVA

Answer 1

我也经常遇到“plot.new尚未调用”的错误！奇怪的是，错误是间歇性的，重复相同的命令并不总是导致错误！在我的情况下，我发现通过在

之前使用绘图命令

plot.new()

停止出现错误！我不知道为什么。同样，我也可以使用你的命令在生存情节中添加一个图例。

Answer 2

您也可以使用ggsurvplot()中的survminer来执行此操作。这是一个例子

library(survminer) # Contains ggsurvplot()
library(survival) # Contains survfit()
ggsurvplot(
  fit=survfit(Surv(time, censor) ~ Allele, data=your_data,type="kaplan-meier"), # Model
  xlab="Years",
  ylab="Overall survival probability",
  legend.labs=c("WildType","Variant"), # Assign names to groups which are shown in the plot
  conf.int = T, # Adds a 95%-confidence interval
  pval = T, # Displays the P-value in the plot
  pval.method = T # Shows the statistical method used for obtaining the P-value
)

R生存曲线图传说

2 个答案: